古来よりこの世の影に潜み、人に見つからぬよう、人と関わり合って生きる“怪物”（けもの）という存在。彼らの多くは人間の世界に適応し、社会に交じり生活していた。しかし現代では、人と必要以上に深く関わろうとするケースが多数報告されるようになっていた。探偵事務所を営む隠神は、そんな“怪物”たちが起こす怪事件のうちの一つを追い、片田舎のとある村を訪れる。そしてそこで夏羽という少年に出会う—。
夜野という男からの依頼で彼の恋路を応援することになった夏羽と織。さらに、夏羽の首を狙う紺もなぜか調査に同行することに―。しかし、夜野が恋した相手の女性はどうやら訳アリのようで…。
警察に強大な権力を持つ狐の怪物・飯生に会うため警察署を訪れることになった夏羽・織・晶の三人。そんな彼らの前に紺という少女が現れる。一方、当の飯生は夏羽の持つ「命結石」にただならぬ興味を示していた。
隠神に連れられて、東京にある彼の探偵事務所を訪れた夏羽はそこで自分と同じ、怪物の子供である織と晶に出会う。「怪物屋」としての彼らの仕事を知るため、急遽舞い込んだ依頼の調査に夏羽も同行することになるが―。
とある田舎の静かな村、そこでは家畜が次々と変死する奇妙な事件が頻発していた。事件を解決するため東京から呼ばれたオカルト専門の探偵・隠神は、村人たちから「泥田坊」と呼ばれている不思議な雰囲気の少年と出会う。
