ニンジャラ

ベレッカの連絡で、ガムニュウドウ封印にガムッチが関わっていることを知ったバートンたち。ガムッチの身が危ないとバートンらはガムッチを探すがその姿はどこにも無く…

オエドに残って妖怪について調査をするベレッカだったが、いまだ妖怪の封印に関する情報はつかめていなかった。引き続き調査をするため、夜にニンジャ資料館に忍び込むことに。そこで鉢屋の里が残した妖怪に関する資料を発見し、読み進めていると、肝心な事が書いてあるはずの巻だけ抜けていることに気づく。一方イーグルシティでは、ニンジャガムの製造工場がマスターレディによって占拠されてしまった！

廃病院でロンたちの前に現れたのは、５００年前のオエドでバートンたちが封印したはずの妖怪の親玉「ガムニュウドウ」だった。その小さい姿に油断している一同だったが、ガムニュウドウのとんでもない攻撃で、ロンたちは吹き飛ばされ負傷してしまう。それを聞いたバートンは、調べ物を続けるためオエドに残るベレッカと分かれ、ひとりコメリカに戻ることに…

オエドへ妖怪について調べに来ていたバートンとベレッカは、怪しい霧の中に閉じ込められ、どう猛な猛獣やカウボーイ、しまいには恐竜に襲われひたすら逃げまわるしかなかった。一方コメリカでは、マスターレディに付けた発信機の信号を追って廃病院にやって来たロンたち。見張りのシャドーニンジャたちを倒しながらどんどん進むが、なぜか異常に静かで…

モンスターを倒した後にモンスターの「元」になったであろう物が残されていたことから、５００年前のオエドで封印したスペースニンジャに関係しているのではないかと考えたバートンとベレッカはオエドへ向かう。一方イーグルシティでは、人が看板に閉じ込められてしまう事件が発生。ジェーンが事件の原因のモンスターと遭遇するが、ジェーンを見たとたんモンスターが豹変して…

バートンたちからルークの話を聞き、マスターレディの企みを止めるため、自分にできることでバートンたちに協力をしようと決意したエゼットは、何か手がかりを探すためイーグルシティのハンバーガーショップで調べ物していた。ふとドリンクに手を伸ばすと、一口も飲んでいないドリンクが減っていた。さらに他のお客のドリンクも無くなっており…

空がキラキラと光り火柱が上がるという謎の現象が至る所で発生。それがマスターレディとモンスターの仕業かもしれないと、ダンたちボトルコレクターズが現地の調査に向かうことに。調査に向かった先で次々にキラキラ光る現象が発生。それはまるで、ボトルコレクターズをおびき寄せる罠のようだった。さらに何者かによる通信障害も起こり、孤立してしまうボトルコレクターズ…

マスターレディを見つけた御庭番衆は、その後を追いかけるが、謎のガスを吸わされ敗れてしまう。翌日、エイミーから街で異変が起きていると伝えられたバートンたちは２班に分かれ調査へ向かう！しかしロン、ベレッカ、バーン、カッペイのチームが調査中に謎のガスにやられてしまう。次第に街の様子もおかしくなり、やがて街はとんでもない地獄絵図に…

変装の達人であるマスターレディの侵入に備えた「変装探知機」を発明したバートン。しかし目を離したすきに「変装探知機」が無くなってしまう。すでにアカデミーに潜入していたマスターレディが盗んだのではないかと考えたバートンたちは、不審な人物を探したり、お互い疑心暗鬼になったりする。さらにそこにボロボロになって倒れているバーンがあらわれて…

強風を巻き起こすモンスターと戦うバートンたちの前に、突如姿を現したマスターレディ。彼女は自らを「シャドーニンジャの新たなマスター」と名乗った。マスターレディやモンスターの強さに苦戦を強いられるも、全員で協力しなんとかその場を切り抜け、アカデミーに戻ったバートンたちであったが、アカデミーにはすでに新たな脅威が迫っていた…

街に現れた謎の生物たちがスペースニンジャであるなら、消滅させられるのはガムウェポンを使える自分たちだけだと気を引き締めるバートンたち。バートンとベレッカ、ロンとジェーンは二組に分かれ、ＳＮＳに書き込まれた「怪しい生き物を発見」という投稿を頼りにゴーストタウンを調査することに。そこで待ち受けていたものはまさかの！？

ルーシーは友達のクロエがフェスでピアノを弾くと知って大喜び！早速クロエへのプレゼントを探すためエマと街へ向かう。そこで見つけた少し不気味な人形を気に入ったルーシーは、その人形をプレゼントにすることに。その夜、クロエのピアノの音で目を覚ましたルーシーは、鏡の中にクロエの姿を見つける。慌てて追いかけたルーシーも鏡の世界に入ってしまい…

停電の原因を作っていた謎のモンスターは、スペースニンジャの可能性があることから、バートンたちは源柳斎に、謎のモンスターの調査をするよう言い渡される。一方、「ベレッカたちと仲良くなったのは、マーモットの巣穴に迷い込んだのがきっかけ」と、マレット、バケットから聞いた新任のフローラ先生は、あるものを探しに街に繰り出す。そんな中ジェーンがＳＮＳを通してモンスターの情報を得るが…

ＷＮＡアカデミーに教師見習いフローラがやって来た。しかし出欠確認では生徒全員の名前を間違えたり、食堂のおばちゃんを校長先生と間違えたりと、ものすごく天然。そんな中、街では原因不明の停電が発生。原因を突き止めるよう源柳斎からの忍務を受けたバートンたちだったが、調査中にまたしても停電にあってしまう。ついに原因が判明するが、その理由はとんでもないものだった！？

アカデミーでチーム対抗のクッキングコンテストが開かれることに。同じチームになったバートン、ベレッカ、エゼットは、練習でカレーを作ってみるが、大失敗。そこで今まで食べた料理でおいしかったものを思い出すことにした３人。結果ベレッカの思い出の味を再現することに。本番では各チームが個性的な料理を披露。はたして、優勝するのはどのチームか！？

機密情報を盗む悪人スパイシーがイーグルシティに潜入した。そんな報せを受け、源柳斎のもとにＷＮＡの諜報部員のユーリアと、その相棒猫のギミーがやって来る。ユーリアたちのサポートを命じられたバートンとベレッカ。ベレッカはゴローも協力できるかもと提案するが、ユーリアはこれを拒否。ユーリアの物言いにベレッカは怒り出すが、ユーリアの真意は別にあって…

一人、剣術の修行に励むカッペイ。そこへ現れた男と、カッペイはひょんなことから勝負をすることに。しかし、相手の大人気ない手に引っかかり、カッペイは負けてしまう。悔しがるカッペイは強くなるため、エゼットと一緒に武者修行で、あるおんぼろ道場を訪れるが全く相手にされない。さらには別の道場破りも現れ、なぜかその戦いにカッペイが駆り出されることに…

突如、バートンたちの前に着陸したＵＦＯ。中から現れたのは、エゼットの婚約者でメルウス星の姫、ピリットだった。地球に来た目的は、エゼットをメルウス星へと連れ帰って結婚式を挙げること。それを拒否し、慌てて逃げ出すエゼットだったが、すぐに捕まってしまう。なんとか残りたいエゼットは、ピリットに地球の良さを知ってもらうためバートンたちにイーグルシティの案内を頼むが…

突如現れたＵＦＯから声がし、満月の夜に迎えに来る、と言われる夢を見たガムッチ。それが夢だと分かって安心するも、突然、耳鳴りのような音に襲われ、さらにはガムッチそっくりの地上絵まで発見される。それらが宇宙人からのメッセージだと不安になるガムッチ。そんな事情を知ったバートンたちは、地球に残りたいガムッチのために動き出す。そして、満月の夜がやって来た…

アカデミー全校生徒を対象としたテストが行われることが発表される。そのうち学力テストで60点未満の者は、翌週のドーナツ工場への校外学習は留守番となり、校長から地獄の補習を受けなければならないとのこと。それを聞いたバーンとカッペイは慌てて勉強を始め、エマたちからも勉強のアドバイスを受けるが、なかなか思うように進まない。2人は地獄の補習を回避できるのか！？

元気が無く、いつものギャグやダジャレを言わなくなってしまったブルースを心配するバートンたち。どうにか元気を取り戻そうと、バートンたちはあの手この手でブルースを笑わせようとするが、その顔に笑顔は戻らない。ついに、ロンまでがブルースを笑わせることになるのだが、ロンが放ったジョークに激しく動揺するブルース。その様子を見たバートンたちは原因を探ることに…

イーグルシティに雪が積もったある日。予定していた訓練が無くなり、雪だるまを作るなど思い思いに過ごす生徒たち。すると突然、ブルースの思いつきで生徒たちは、２チームに別れて雪合戦を行うことに。気合十分のカッペイだったが、同じチームのルーシーに後ろから雪玉をぶつけられたりと翻弄され、雪合戦に負けてしまった。そんなルーシーにカッペイはイライラして…

マックスに頼まれ、ＷＮＡ本部の資料室で資料探しをすることになったバーン。そこで本棚の裏側に落ちていた「秘伝の書」なる冊子を発見する。ページをめくると、そこには禁断の忍術を会得するための修行が書かれていた。早速バーンは冊子に書かれた修行を始めるのだが、おかしな動きをするものばかり。そんなバーンを見た源柳斎が、なぜか焦り出して…

和太鼓の名人オリビアがオエドタウンのお祭りで和太鼓を叩くということで、みんなでお祭り行くことに。しかし会場に着くとオリビアのパフォーマンスはなぜか中止になっていた。楽しみにしていたカッペイとエマは、気持ちを切り替えてお祭りを楽しむことに。そんな中エマ達が出会ったのは、なんとオリビア本人。さらにそれぞれが色んなトラブルに巻き込まれて…

イーグルシティの発明コンテストが開かれることになり、参加することになったバートンとベレッカ。意気込む二人は発明対決をすることに。「暮らしに役立つ発明」というお題に窮した二人は、校長のもとへ。「物忘れがひどくて、傘を忘れたりする」という悩みにヒントを得て、それぞれが発明品製作を開始。しかし二人が作った発明品がとんでもない事態を招いてしまい…

ウォーレンの頼みで「ニンジャvsゾンビ」という映画の撮影に、エキストラで子供のニンジャ役として参加することになったバートンとルーシー。二人の引率でゾンビ大好きなエイミーが付いて行くことに。ゾンビ愛に溢れるエイミーはルーシーのアドリブ演技にダメ出しをする始末。やがてこのエイミーの行き過ぎたゾンビ愛のせいで、撮影現場が大混乱に！？

ガムッチを連れてフードフェスにやって来たバーンとカッペイ。食べることに夢中になった二人は、ガムッチの入ったリュックを置き去りにして、お目当ての屋台へ。程なくしてミリーという女の子が、ガムッチに気付く。ガムッチをぬいぐるみだと勘違いしたミリーはガムッチを連れて行ってしまった。一方その頃、怪しげな男たちによる、ある取引が行われようとしていて…

ロンがアジトでのんびりと過ごしていると、突然バーンとカッペイから勝負を挑まれる。二人は食堂のおばちゃんに、ロンからＩＰＰＯＮを取ったらスペシャルメニューを食べさせてあげると言われたらしい。さらに他の生徒は源柳斎に、ロンからＩＰＰＯＮを取ったら「忍法・虎の巻」を授けると言われる。次第に噂がアカデミー中に広がり、全校生徒を巻き込んだ大騒動になっていく！？

ナオミのもとにオエドに住む母から届いた手紙には、山で怪しい生き物が現れたと書かれていた。それを知ったバートンとベレッカは５００年前のオエドで封印した妖怪の存在が頭をよぎる。そこで、ナオミの帰省にバートン、ベレッカ、さらにはエマとルーシーが同行する。オエドに着くと村は平和で、怪しい生き物のことを忘れそうになるが、そんな時、村人の悲鳴が響き怪しい生き物が現れる…

バーンとカッペイを連れてキースがやって来たのは、寂れた骨董屋だった。そこでキースは2人に、とある石を嬉しそうに紹介する。店主いわく、その石を気にいっている人がキースの他にもう一人いるそうで、価値観の合う人がいたと感動したキースは店主にその人を紹介して欲しいとお願いする。その人と会うのを楽しみにしていたキース。そんな中なんと石が盗まれる事件が起きて…

「ニンジャとは・・・」と小言をいうダン。だが、そこにはいつも一緒にいるはずのタイラーの姿が無かった。ダンは食堂でタイラーを見つけて話しかけるが、その態度は素っ気なくすぐに立ち去ってしまう。他のボトルコレクターズの面々に話しかけても避けられてしまい、思い悩んだダンがバートンたちに相談すると、ルーシーがとんでもない提案をしてきて…

アカデミーでの、これまでの日々に思いを馳せるダン。その時、自身が作ったロボにくすぐられていたバートンの声が響き渡る。見兼ねたダンが注意をすると、バートンから「色々と経験をしていく事は大事だよ」「社会経験なら負けないよ」と返され、その言葉が引っ掛かったダンは、ちょうど人手を探していたマレット、バケットのもとで職業体験をしてみることに…

自分を鍛えるため朝練に励むエゼット。その時ふと何者かの視線を感じる。アカデミーでも何度か同じように視線を感じ警戒をしている中、エゼットのロッカーに謎の手紙が入れられていた。謎の視線と関係あるかもと中身を確認しようとした時、黒子のミスで手紙が濡れてしまう。かろうじて読める内容から推理すると、それはなんとラブレターだった！？

５００年前のオエドから現代に戻り、千年杉の近くで倒れていたバートンとベレッカは源柳斎に見つけられる。５００年前の世界で何日も過ごしていたが、現代では一日しか経っていなかった。アカデミーにいたバーンたちはそんな話を電話で聞かされるがウソだと疑う。そして、オエドで休んでから帰るというバートンたちだけにいい思いはさせないと、みんなでオエドの温泉に行くことになるが…

ついに千年杉に雷が落ちる日がやってきた。千年杉の根元に、ガムニュウドウを封印するための祠が作られ、決戦準備が着々と行われる中、お絵馬は禁じられていた封印の術を使うことを決意し、バートンは壊れた眼鏡の交換をしようと予備の眼鏡を探している際に、あるものを発見する。そしてついにオロチに姿を変えたガムニュウドウが襲来。最終決戦の火蓋が切られる…

鎧妖怪は再び戻ってくる可能性があるため、里の周辺の見回りを強化すべきではと、源舟斎に進言する論三郎。その姿を慈艶は怪しむように見ていた。里外れで風魔衆からの言葉を思い出し、鬼気迫る表情を浮かべる論三郎を見つけた慈艶が声をかける。論三郎は「見張りはどうした」と問いかけるが慈艶からは「今、してるよ」と返され２人の間に緊張感が漂う…

ガムッチと暮らす源空斎の家を訪れたバートンたち。だが、源空斎は襲われ、ガムッチは何者かに誘拐された後だった。バートンたちはガムッチを取り戻しに森へ向かうが、妖怪の赤傘、黄傘、青傘の唐傘三兄弟が立ちはだかる。唐傘三兄弟の息の合った連携に苦戦を強いられるバートンたちは、分断させ一体ずつ撃破しようと試みるが、与えたダメージはすぐ回復されてしまい…

ガムッチがいればガムニュウドウを倒せるかもしれないことに気付いたバートン。そのことを源舟斎に話すと、源舟斎は先祖から語り継がれる、遥か昔ガムッチらしき生物がやって来た時のことを語り出す。その生物は、ダンゴッチと呼ばれ源舟斎の双子の弟、源空斎と過ごしているという。その話を聞いたバートンたちは源空斎のもとを訪ねることにした…

夜露をしのぐため旅人が洞窟を訪れると、恐ろしいうなり声を耳にし、暗闇の中で光る目を目撃した。慌ててその場から逃げ出した旅人は命からがらお絵馬たちのもとへ。一方、バートンとベレッカは、五百年前に飛ばされたきっかけとなった千年杉を調べていた。その時、ベレッカが身につけている鈴がチリーンと揺れ、その鈴にガムニュウドウが反応する…

五百年前のオエドに飛ばされたバートンとベレッカが妖怪退治をしていた一方で、元の世界では食堂のおばちゃんがアカデミーを辞めたと大騒ぎ。しかもロン、ジェーン、エマが聞いた、おばちゃんがアカデミーを辞めた理由がそれぞれ違っていたことに疑問を感じた一同は、おばちゃんが伝説の女スパイ「ジュリエッタ」では？と疑い始めて…

伊賀の里の広場では伴二と吉平がいつものように言い合いをし、伊賀と甲賀のどちらが強いかで揉めていた。それを見かねたおる卯が「ここでやり合って決着つければいいじゃん」と言うと、源舟斎が現れ、木刀のみの「模擬戦」を提案。話を聞いたバートンは、丁度発明した「ネバネバ玉」を使うことを勧める。そしてバートンやベレッカを含む8人の戦国ニンジャラバトルが始まった！

山でひとり修行をするお絵馬。呪文を唱えると、木の枝や木の葉がピタリと宙で静止した。この術を使えば妖怪退治にも役立つと考えていたが、他の里の者の前では使うなと鉢屋衆に言われており悩んでいたのだ。次第に雨が降り出し、お絵馬は雨をしのぐため洞窟に入るが、そこで小槌型の妖怪に遭遇してしまう。妖怪の攻撃を受けてしまったお絵馬は、なんとみるみる体が小さくなってしまった！

伊賀の里に、修行をしながら旅をしている松左衛門という男が現れる。彼は里で一番強い者と戦いたいと申し出て、おる卯が相手をすることに。おる卯にかなわなかった彼は、「修行が足りない」と立ち去ってしまう。さらに遊び足りないおる卯も松座衛門を追ってどこかに行ってしまう。一方、蒟蒻山で村人が「あそぼー」という謎の声を聞く。蒟蒻山はおる卯たちが向かった方向だった…

里への帰路で「大蛇を退治してくれた方に褒美を差し上げます」という立て看板を見つけたバートンたちは、退治を請け負おうと村を訪れる。村長によると、村を襲う大蛇は底なし沼に住んでいて、その沼を埋めようとすると、村では不可解なことが起こり始めたとのことだったが、なぜか大蛇そのものを目撃した者はいなかった。そんな中バートンたちは、勘太という少年と出会った…

突如現れた、巨大な妖怪に襲われたバートンたち。皆で攻撃を仕掛けるが妖怪には全く効果が無く、逆に攻撃をうけたバートンらは、衝撃で崖の下に転落してしまう。なんとか助かった一同は、源舟斎のもとに戻り巨大妖怪への対策を練ることに。強力な敵を相手するため、伴二と吉平はコザルに協力してもらうおうと弟子入りを試みるが…

落ちていた夕顔の花が描かれた古い櫛を拾った吉平。その櫛は近くにあった古い祠に置いて行くことに。しかし行く先々で同じ櫛が見つかり不思議がる一行。休息をとるため遠くに見える灯りを目指して歩いていくが、そこは戦によって廃れた村だった。その奥には唯一無事だった屋敷があり、遠くから見えた灯りはその屋敷からのもので…

竹の里の村人がタケノコ掘りをしていると、目に見えない刃が飛んで来て、竹をバサバサと切り倒していき、その竹やぶの奥では何者かの眼がギラリと光った。一方、バートンとベレッカが、慈艶に里に残った理由を訊ねると、取り繕ったような答えを返し去ってしまう。そこに現れた論三郎は、くの一の本分は人を欺くことだと彼らに告げ、慈艶には気を付けた方が良いと忠告する…

バートンたちが夜の山道を歩いていると、林の中から武器を持った男たちが現れ、襲い掛かって来た。彼らの誤解を解き話を聞くと、村は夜ごと提灯の妖怪に襲われていて、バートンが持っていた提灯を妖怪と勘違いしてしまったらしい。彼らはバートンたちに妖怪退治をお願いするが、その中のひとり、治作は断固反対する。どうやら彼にはおなつという許嫁がいたらしいのだが…

科学の説明をするため“飛行機”のことを話したバートン。それを信じられないおる卯は見せてみなよと挑発。バートンはハングライダーを作って、科学の力を証明しようとするが失敗してしまう。そんな中、妖怪の被害があった村を訪れた一行の前に天狗が現れる。論三郎の忍術によりなんとか撃退に成功。彼の強さを目の当たりにしたおる卯は論三郎に戦いを挑むが…

アヤカシ山で雑木を拾い集めていた青年が、木々の間を移動する巨大な黒い影に襲われた話を知ったバートンたちは、妖怪と思しき黒い影を退治すべく、アヤカシ山へと出向く。一行は翌日からの妖怪の捜索に備え、山小屋に泊まることに。そこで持ってきたお皿を伴二に馬鹿にされたお絵馬は怒ってそれを割ってしまう。後悔したお絵馬が拾いに戻るが、お皿は跡形もなく無くなっていた…

皆の力を合わせ、なんとか大蝦蟇の退治に成功したが、妖怪の強さを目の当たりにした甲賀、鉢屋、戸隠、風魔、雑賀のニンジャたちは伊賀の里を離れてしまう。妖怪退治で活躍した、伴二、お絵馬、おる卯、論三郎、慈艶も、複雑な思いを抱えながら、それぞれの里へ戻っていった。バートンは大蝦蟇が消えた後に残された石像を調べ、ある考えに思い至る。その頃、近くの谷底では新たな妖怪が誕生しようとしていた…

千年杉の落雷で５００年前のシノビの里にやって来てしまったバートンとベレッカ。そこにはなんと、カッペイそっくりな吉平の他に、バーン、ルーシー、エマ、ジェーン、ロンにそっくりなニンジャたちもいた。彼らはそれぞれ伊賀、甲賀、戸隠、鉢屋、雑賀、風魔の代表として、頻発する妖怪の対処を話し合うため集まっていた。そんな中、以前バートンとベレッカを襲った大蝦蟇が再び現れて…

オエドのシノビの里で開かれる世界忍者サミットに向かう源柳斎に同行することになったバートンとベレッカ。オエドに着き、ニンジャ資料館へ訪れた2人は昔のニンジャが妖怪と戦ったことや、５００年前に落雷で折れた千年杉と妖怪を封印した祠のことを知る。実際の千年杉と祠を見に行った２人がその場所を訪れると、突然風が吹き荒れ、さらに千年杉に雷が落ちて…

大人の姿に戻るための睡眠マシンを完成させたバートン。バートンが目を離しているすきに、ガムッチがそのマシンで遊んでいると、次第にマシンはガタガタと振動しはじめ、ついにはスパークして止まってしまう。慌ててその場から離れるガムッチ。その後、校長先生の孫を預かり、ベビーシッターをしていたブルースと他の生徒たちが屋上にやってきて、睡眠マシンを発見するが…

アカデミーに野菜畑を作るため、土づくりのスペシャリストとして呼ばれた農家のベン。源柳斎がベンがかつてＷＮＡに所属していた優秀な元・御庭番衆だと明かすと、生徒たちは色めき立つ。さらにベンはタイラーの父親でもあった。「ニンジャは冷徹であれ、忍務のためなら仲間も見捨てろ」という父の教えを受け入れられないタイラーは複雑な思いを抱えていて…

ベレッカが街を歩いていると、大人の姿のバートンを目撃する。大人のバートンはベレッカに気付くと驚いた表情を見せ、その場から一目散に逃げてしまった。バートンが大人の姿に戻るためのスムージーを完成させたのではないかと考えたベレッカたちは、バートンを探しにアジトへ向かうが、バートンの姿は無く、飲みかけのスムージーだけがあり、残りをベレッカが飲んでみるが…

ランチメニューに特製ビーフシチューが出ると大はしゃぎのバーンとカッペイ。興奮してそのことをキースに話すも、反応はイマイチ。その様子をみんなに話すと、ベレッカたちもここ数日のキースのおかしな様子を目撃していて、その様子から何か事件に巻き込まれているのではないかと推察したバートンたちは、キースの尾行を決行する！しかしキースの行先は意外な場所で…

密輸団の犯行現場に現れたスカルニンジャと名乗る怪しい男。ニュースでスカルニンジャを見たロンは何か思い当たる節があるようで、授業を欠席し、行方をくらます。心配になったバートンたちは、御庭番衆時代のロンの情報をハッキングして調べることに。一方ロンは情報屋でスカルニンジャの情報を仕入れ、彼と接触を試みるが…

連休にルーシーの地元へ帰ることになったルーシーとエマ。二人が駅に到着すると、そこでルーシーは友達のクロエの姿を見かける。母親からクロエがピアノのコンクールに出場することを知ったルーシーは、影ながらクロエを応援することに。しかし聞こえてきたクロエのピアノの演奏には元気がなかった。ルーシーとエマはその原因を探ることに…

バートンたちにおもちゃを与えられ、大喜びのゴローとガムッチだったが、そのおもちゃが引き金で二人の仲に亀裂が入ってしまう。そんな様子を心配するエゼット。そのころアカデミーの畑が荒らされる事件が発生。そこに猫の足跡があったことからゴローがその犯人でないかと疑われていた。一方、ガムッチは自分が悪かったことに気づき仲直りをするためにゴローを探すが…

ウォーレンが作った、渾身の「ＷＮＡ」ＰＲ動画。動画の試写をするバートンたちであったが、あまりにもインパクトが薄い動画に、生徒たちはあくびを連発。そんな生徒らの様子を見てショックを受けるウォーレン。そこで校長は、「生徒たちにＰＲ動画を作らせてみては？」と提案し、アカデミーでの動画バズらせ対決が始まったが、次第に動画の内容はＷＮＡと関係ないものになっていき…

早朝、バーンは浮かない表情でバスケの練習をしていた。ダンに言われた「ニンジャの修行一本に絞れば、もっと強くなれるんじゃないか」という言葉が引っ掛かっていたのだ。そんな時、ランニングをしていた少女パティと出会う。2人が会話をしていると、どこからか神秘的な歌声が聞こえてきた。2人が声の主を探しに川辺を歩いていると、なんと人魚のような影を見つけて…

ブルースの提案により、生徒たちは変装術を身につけるべく他の誰かに変装をし、その人になりきって一日を過ごすという特別授業を受けることに。ロンに変装したエマは、メイからニンジャラバトルを申し込まれたり、ベレッカになったバートンと、バートンになったベレッカが出会って大混乱！さらにはルーシーが三つ子になったりと授業はしっちゃかめっちゃかに！

お忍びでコメリカへやってきたドコナ王国のダレデス国王とその家族。彼らはなんと、秘密結社ドコドコ団に命を狙われていたのだ。そのため、ロンとジェーンはウォーレン、マレット、バケットと彼らの護衛の任務に就くことに。国王たちを守るため、さらに娘のダレダ王女の希望を叶えるため、ロンとジェーンは奔走するが、ダレダ王女の希望はなかなか一筋縄ではいかず…

夜、アカデミーの食糧庫でカッペイは恐ろしい目と鋭い牙を持つ“何か”に遭遇。食堂のおばちゃんに聞いた話によれば、最近、食材が無くなっているという。食糧庫に現れる“怪物”退治をすることにしたカッペイ達。悪戦苦闘の末に“怪物”を捕まえようとすると、なんとその正体は子供のワニだった。カッペイとバーンはワニをもとの飼い主のもとへ送り届けることになるが…

食堂から漏れ聞こえてきたブルース、エイミー、食堂のおばちゃんの会話を聞き、デイジー先生が辞めると思ったバーンとカッペイは、すぐさまバートンたちと、デイジーが受け持つクラスのボトルコレクターズに報告。メイやキースには思い当たる節があった。生徒らの不安や心配を解消するためにベレッカとバートンはデイジー先生を尾行することに、そこで目撃したものは…

ミステリー小説を読み、謎解きに目覚めたベレッカ。そんなベレッカとバートン、エゼットが歩いていると、仰向けで倒れているカッペイが！それを見るや「事件ね」とベレッカはワクワクし始め、捜査を開始。そこにエマとジェーンもやって来て、みんなで盛り上がり始める。倒れているカッペイの傍には、はんぺんとニンニクが落ちていた…そしてベレッカの名推理が始まる！？

食堂で、他のクラスの生徒が「バーンとカッペイはどちらが強いか」と話していた。それを聞いていたバーンとカッペイは互いに対抗意識を燃やす。そんな中、ブルース考案の「風林火山」にちなんだ大運動会が開かれることに。２チームに分かれて対決することになり、バーンとカッペイはそれぞれ大将に就く。しかし大将になった２人の対応はあまりにひどく…

バートンの発明品で迷惑を被ったとベレッカ・ジェーン・ロンが怒ってバートンのもとへ、しかしバートンは苦情を言われても「どんな失敗も、新たな一歩」と意に介さない。そんななか、バートンのもとに新たなカラクリロボ発明依頼が入る。その内容は「狙った獲物は逃さず捕え、身体はどんな攻撃にも耐え、その場の状況に応じて臨機応変に行動できる」という怪しいものだった…

ＷＮＡの総務本部長であるウォーレンはさまざまな業務こなし、忙しい日々を送っていた。しかし、ウォーレンは同じくＷＮＡ幹部のマックスとレナードと比べると自分が役に立てていないのではないかと悩みを抱えていた。さらに幹部会議では、マックスとレナードどちらの意見を採用すべきかウォーレンに決定権を託される始末。そんな状況を悟ったエマは、ウォーレンを街に連れ出すことに…

釣りをするために、エゼットの宇宙船で湖にやってきたバーン、カッペイ、エゼット。一緒に楽しんでいたガムッチとゴローだったが、釣りを終えたエゼットが宇宙船を発進しようとした拍子にハッチから外へ放り出されてしまった！見知らぬ土地に投げ出されてしまったガムッチとゴロー。果たしてガムッチとゴローは無事ＷＮＡアカデミーに帰ることができるのか…

街中でジェーンに声をかけてきた男、その男は「昔、よく組んで仕事をしたハリー」だと名乗る。なんとかその場を切り抜けたジェーンは、バートン、ロン、ベレッカに、「正体がバレてしまった、ハリーが自分に復讐をしに来たのかもしれない」と相談する。ジェーンの代わりにハリーの目的を探るため、ハリーがいるホテルへ潜入しようとするが…

とある会社ではエドモンドという男が社長からクビを言い渡された。意気消沈のエドモンドがハンバーガーショップに立ち寄ると、手に可愛いテディベアを持った３人のギャングが現れた！偶然そこに立ち寄ったルーシー。楽しそうなスポーツをしていると勘違いしたルーシーは、なんとギャング団に加入してしまう！？さらにエドモンドもギャング団に加入することになってしまい…

ある日カッペイは、オエドに住む祖父の源雲斎が覆面ニンジャたちに攫われ、カッペイに助けを求めるという夢を見た。それは本当に源雲斎の身に何かが起きているのかもしれないとエゼットに言われ、源雲斎に電話を掛けるも繋がらない。心配になったカッペイはフンドルケットルでオエドに向かうが、そこに源雲斎の姿はなく、謎の書置きだけが残っていた…

ＷＮＡ諜報部に所属するロジャーに連れられ、ＷＮＡアカデミーに転入してきた息子のアレク。ロジャーはバーンの父マックスの幼馴染でありライバルであった。そのことから、アレクはバーンを意識していた。授業の一環でアレクとバーンはニンジャラバトルで戦うことに。初めてのニンジャラバトルなのに、余裕の表情を見せるアレクに、バーンは闘争心を燃やす…

バートンたちとエイミー、デイジーは無人島へバカンスに行くことに。バーンとカッペイが釣りを楽しんでいると、古びた宝の地図が飛んできた。それはなんと宝の地図で…

メルウス星に平和を取り戻し地球に向かうバートンたち。一方、アカデミーではダンを筆頭に、再び生徒会選挙が行われようとしていた。どうしても生徒会長になりたいダンは、バートンたちが地球に帰ってくる前に選挙を終わらせようと画策するが、予想外に早くバートンたちが帰還することを知りあの手この手でバートンたちを足止めする。さらにダンには秘策があり…

エマたちが地下の水源を解放したことでスペースニンジャは街の外に追い出され、街には水が行き渡った。皆はその美しい光景が広がる街の姿に感動をし、スペースニンジャの脅威から街を取り戻したかに思えたが、水中から突然、ガムゴゼンが襲撃してくる。そしてメルウス星を取り戻す最後の戦いが始まる…

オデット率いる部隊が大聖堂の封鎖に成功したことで外にいるスペースニンジャの数は全体の半分になった。そのことを機に他の三部隊もシティに突入し、街を取り戻すための戦いが始まる！バートンたちと共に各地区で戦闘をする部隊は次々にスペースニンジャを倒し、戦況は有利に傾く。しかし、大聖堂に閉じ込められたスペースニンジャのボスがついに動き出して…

スペースニンジャに占領されたシティを取り戻すため、四つの部隊に分かれた、バートンたちとメルウス軍。ジェーンとロンはオデット部隊に同行することに。ジェーンが場を和ませようと話しかけても無視をするオデット。さらに部下であるキャロットが話しかけても冷たい態度を取る。不満を募らせるジェーンだったが、実はオデットには秘密があって…

スペースニンジャ殲滅作戦のため部隊を４チームに分け、それぞれシティ周辺の拠点へと向かうこととなった。バートン、ベレッカ、エゼット、ガムッチはジベット部隊に同行することに。スペースニンジャに注意しながら目的地へ向かう途中、バートンたちは何者かの視線を感じる。さらに怪しい行動をとるジベットを目撃して…

スペースニンジャの数と配置を掴むための偵察をバーン、カッペイと一緒に成功させたロビット。その結果を受け、スペースニンジャの殲滅作戦が行われることになった。そこでエゼットはバートンたちの協力を提言し、ガボット将軍はバートンたちの作戦への同行を許可する。作戦はオデット隊、ジャーケット隊、ロビット隊、ジベット隊の４チームに分かれて行うことに…

スペースニンジャを倒すためメルウス星に来たバートンたちだったが、地球人の協力は必要ないと言うメルウス軍。自分たちが戦力になることを示すため、バーンとカッペイはメルウス軍の精鋭であるロビットと戦うことに。圧倒的な強さを見せるロビット。そんなロビットを倒すためバーンとカッペイは作戦を考える。

バートンたちを乗せた宇宙船は、ついにエゼット達の故郷、メルウス星へたどり着く！そこは一面に砂漠が広がる星だった。メルウス星唯一の都市へ向かうため、砂嵐の中を突き進むフンドルケットル。砂嵐を抜け到着した都市は、なんと何者かに破壊されていた。破壊された都市を見て、唖然とするバートンたちの前に現れたのは…

バートンたちを乗せ、エゼットたちの故郷メルウス星を目指して宇宙空間を進む宇宙船。その船内で授業をおこなおうとするブルースだが、宇宙に来てまで受けたくないルーシーたちは思い思いの宇宙旅行を満喫する。そしていよいよメルウス星へ向けて、サクットチケットドライブ（ワープ）を起動！しかしワープを抜けた先はメルウス星ではなく、なぜか小惑星帯で…

メルウス星から地球に帰還したベレッカたちは、WNAアカデミーの校長先生を名乗る謎の男性に迎えられる。なんとその男性は５０代になったボトルコレクターズのダンだった！さらにボトルコレクターズの他のメンバーも現れ、バートンたちは自分たちが宇宙へ出発してから、地球では４０年もの月日が流れていたことを知る。そして源柳斎は…

ジェーンが発射ボタンを押してしまったせいで、ブルースを乗せたまま飛び立ってしまった宇宙船は、そのままエゼットたちの故郷、メルウス星を目指すことに。初めての宇宙に和気あいあいとする中、エマは船内で何かがぶつかるような音を耳にする。乗り込んだ１０人以外に何かいるのか！？その気配は次第に色濃くなり、ついには…

奪われた隕石を取り戻したバートンたち。バートンとエゼットの計算によると、手元の隕石でメルウス星まではなんとか行けることが分かる。ただ、一つ問題が！なんと宇宙船には定員があるらしい。宇宙に行くメンバーを決めなければいけなくなったバートンたちは、釣りで選抜メンバーを決めることに、そこにダンたちボトルコレクターズのメンバーも加わり…

エゼットたちが乗って来た宇宙船の燃料が、オエドで発見された隕石と同じ物だと分かり、バートンたちはそれを奪ったスペースニンジャを探す班と、宇宙船修理班に分かれて行動をすることに。ロン、エマ、ルーシー、マレット、バケット、ガムッチがイーグルシティ内を回ってスペースニンジャを探す中、ベレッカは隕石を手に入れるため、レナードとオエドの採掘場に向け、小型飛行機で飛び立った…

燃料が抜き取られていた、エゼットたちの宇宙船。メルウス星を一刻も早く救いたいと思うエゼットたちは、メルウス星へ帰ることすらできなくなったことにひどく落胆する。宇宙船の燃料は、メルウス星にある鉱石と知ったバートンたちは、なんとか宇宙船を動かす方法を考えることに、その間マレットとバケットをWNAアカデミーで匿うことになったのだが…

バートンたちはＷＮＡ本部でベレッカが何者かに連れら去られたと連絡を受ける。その瞬間を捉えた監視映像を確認すると、ベレッカを連れ去ったのはエゼットと同じくメルウス星から来たマレットとバケットだった。その頃、マレットとバケットはベレッカのことを連れ、宇宙船へ向かう。しかし隠していたはずの宇宙船は姿が露わになっており、さらに一部が壊され、燃料も抜かれていた…

バートンとベレッカに宇宙船が見つかってしまったエゼットは、その場から逃げてしまう。ニンジャラバトルフェスティバル決勝戦当日になってもエゼットがアカデミーに戻ることはなく、バートンは最初にエゼットと会った場所、ベレッカはWNA本部へ探しに行くことに。WNA本部についたベレッカは、ニンジャガムの保管場所を聞き出そうと、受付で揉めている2人組を発見する。

相変わらず怪しい行動を見せるエゼットに不信感を抱くベレッカは、カッペイを引き連れ尾行をすることに、しかし、森に入ったエゼットは忽然と姿を消してしまい、不信感をますます募らせるベレッカ。一方、ニンジャラバトルフェスティバルはいよいよ準決勝。チームとしてまとまりを見せるダンチームに対し、バートンたちのチームワークはいまだバラバラで…

ニンジャラバトルフェスティバルの勝利に向けて、同じチームの勝利に向けて、同じチームメイトのダミアン、シーラとコミュニケーションを取る努力をするバーン。一方、バーンチームの対戦相手であるロンもチームワークを高めるため、同じチームのメイに、一緒に練習をやらないかと話を持ち掛けるが断られてしまう。その頃、宇宙船に乗る謎の二人組が、宇宙から地球へと近づいていた…

エゼットが朝早くどこに出かけるのか探る約束をバートンにすっぽかされ、ベレッカは不機嫌になっていた。そんなベレッカがニンジャラバトルフェスティバルで次に対戦するのはバートンのチーム。闘志をむき出しにトレーニングに打ち込むのだが、同じチームのナオミとうまく連携が取れない。そこでナオミと仲良くなろうとベレッカはビリーを巻き込み…

ＷＮＡアカデミーの道場で、いつものように小競り合いをしているバーンとカッペイ。2人が競って放ったクナイは、近くで練習をしていたエゼットの横をかすめていく。周りを見回し、クナイを放ったのはロンが自分の正体を知り襲ってきたのだと勘違いするエゼット。「ヤられる前にヤらなければ」と、エゼットは自分を狙ったロンを、倒す決意をする…

バトルフェスティバルに参加できて張り切るガムッチはエゼットを朝練に誘いに来る。だが、ガムッチがスペースニンジャに違いないと考えるエゼットは逃げ出してしまう。そのエゼットのことをシャドーニンジャの一味だと疑うベレッカは、このまま彼を放っておいていいのかと、バートンに詰め寄る。その頃、火球の目撃された地点では、御庭番衆が調査をしていた…

ニンジャラバトルフェスティバルに優勝してニンジャガムを手に入れようとしていたエゼットだが、盗んだ方が早いと思い直す。そんなエゼットのことをベレッカは怪しいと、バートンたちに訴える。バートンたちはブルースと食事をするエゼットを見つけ聞き耳をたてると、エゼットはブルースからニンジャガムの在りかを聞き出そうとしていた…

ＷＮＡアカデミーでは、「ニンジャラバトルフェスティバル」が開催されることに。その前日、エゼットは、バートンとベレッカが話しているのを目撃する。その内容が自分に関する良からぬことだと悟ったエゼットは、アカデミーから逃げ出すことを考える。しかし、ある使命のため、ニンジャラバトルフェスティバルへの参加を決意するのだった。そして翌日、生徒らは予選のおこなわれるゴーストタウンに集められた…

火事現場でバートンたちを助けたエゼットを見て、ニンジャの子孫に違いないと思ったブルースはＷＮＡアカデミーにスカウトしようとする。ブルースはあれこれと誘い文句を繰り出すが、そのどれにもエゼットは冷めた反応を示す。しかし、「ニンジャガムも食べ放題！」とブルースが言った瞬間、エゼットは内心で動揺する…

ある夜、イーグルシティ上空に現れた一筋の流れ星をＷＮＡアカデミーの生徒たちは目撃する。翌日、バートンとベレッカがブルース先生と街で備品の買い出しをしていると、前を通り過ぎる謎の人影が。その人物は自動販売機のことを知らず、お金を入れずにいじっていると、警官にとがめられる。が、次の瞬間、その姿は消えていた…

ＷＮＡ本部でシャドーニンジャやスペースニンジャと戦うバーン、カッペイ、エマ、ナオミ。そこへロンとジェーンも駆けつけるが、次々と現れる敵に悪戦苦闘する。更に、一体のスペースニンジャがシャドーニンジャを呑み込み、ダークニンジャに！　すると、疾風のごとく現れた源柳斎が、ダークニンジャたちを弾き飛ばした。そのころ地下倉庫で目を覚ましたバートンとベレッカは…

コメリカ大統領ハロルドは、イーグルシティにミサイル攻撃をすると発表する。その発表を受け、バートンたちが動揺する中、源柳斎はあることに気付く。それは、コメリカ大統領はマスターシャドーによる傀儡の術で操られているというものだった。マスターシャドーは大統領を悪者にして民衆を味方に引き込もうとしていたのだ…

イーグルシティの市長に新しいリーダーとして紹介されるマスターシャドー。着々と支配を進めるマスターシャドーは、ニンジャによる統治でイーグルシティを理想の都市にしようと、さらなる計画を実行する。そして彼の理念に賛同するボトルコレクターズの面々は、それぞれの思いを胸に再びＷＮＡアカデミー生徒たちと対峙するのだった。

隕石保管室に隕石を奪いに来た２体のスペースニンジャが外からその扉を開けようとしていた。そこへ、スクラップサーベルを振りかぶったルーシーが現れ、２体は隕石保管室の中へと吹っ飛ばされる。その時、スペースニンジャの１体が誤って、隕石保管室にいたヘビマルを丸のみすると彼らは光に包まれ、謎の生命体ダークニンジャが誕生する…

シャドーニンジャの警備をかいくぐり、市議会議事堂に忍び込んだマックス。市長と市議たちが集まり、マスターシャドーによるイーグルシティ統治を受け入れようとしている。その報告を受けた源柳斎の前で、カッペイは「マスターシャドーを倒せばいい」と言うが、バートンは「ちゃんと話し合った方がいい」と訴える。しかし源柳斎もバートンの意見に懐疑的な反応を示し…

服部ハンゾウの血を引くバートンは、無意識のうちに鬼のハンゾウの力を使いダンに攻撃を仕掛けたことに思い悩んでいた。そんなバートンに源柳斎は、自分の運命を受け入れ、その力を今回起きている騒動を治めるために生かすべきだと声を掛ける。その時、エマがやって来てタブレットを見せると、そこにはイーグルシティ各地で暴れるスペースニンジャたちの姿が映っていた…

ＷＮＡアカデミーでは、シャドーニンジャの襲撃を防ぐため生徒たちがバリケードを作っていた。一方、イーグルシティの一角、古い工場街にある廃ビルの屋上にロンとジェーンの姿があった。ジェーンはＰＣでＷＮＡ本部の様子をうかがい、ロンは街並みを眺めている。すると、ロンの目に何かが留まる。それは、周囲に気を配るように移動するチョコミン…

ＷＮＡ本部はシャドーニンジャに占拠され、幹部や大勢の職員たちは監禁される。マスターシャドーはＷＮＡが手中に収まったことに満足し、ダンはそんな彼の考えに心酔していた。一方、アカデミーでは源柳斎の号令のもと、本部から逃れて来た御庭番衆や生徒らが集められる。するとそこへ、忍者装束を着た男が！　マスクを外した男はなんと、バーンの父・マックスであった…

エマは、ルーシーがアカデミーに戻る意思が無いことをバートンたちに告げると、話題を変えるかのようにカボチャ畑の手入れをしようと提案。その頃、ＷＮＡ本部の会議室にいたブルースは、呼び出されたのにほったらかしにされたことに怒り、部屋を飛び出す。すると御庭番衆に遭遇するが、本来こんなところに御庭番衆がいることはないはずとブルースが考えていると…

ある夜、車を走らせていた2人組の女性たちは、道に佇む少女に声を掛けた。すると少女は眼帯を外し、不敵に笑う。そして瞳が光ると、女性たちが乗る車はガタガタと揺れ始めた！　一方エマは、忽然と姿を消したルーシーを見つけようと、戦いの爪痕が残るオペラ座の前で、行き交う人に写真を見せて手がかりを探していた。しかし、なかなか手がかりは得られず…

解放されたルーシーの力により崩れていくオペラ座で、ロンとアレンは互いの武器をぶつけ合う。多くの犠牲を生み出してきたアレンの野望を終わらせるため戦うロン。徐々にアレンの力が弱まっていき、ついにロンの一撃でアレンは倒される。ハロルドは保護され、事件は無事収束するが、バートンはあることに気付く。隕石が無くなっていたのだ！　また、そこからルーシーの姿も消えていた…

シャドーニンジャにとらわれたハロルド大統領の身柄と隕石の取引にオペラ座へやって来るアレン。しかしアレンは隕石の引き渡しを拒みシャドーニンジャとの大乱戦に突入する。そこへスペースニンジャも現れて、大統領と隕石を守りながら戦うバートンたちは大パニックに！大統領を安全な場所へ逃がそうと誘導するアレンだったが…

オエドからシノビの力が秘められた隕石を持ち帰ったバートンたち。しかし、ＷＮＡ本部内では、シャドーニンジャが大統領を誘拐して、その身柄と引き替えに隕石を要求してきたため、大騒動となっていた。ジェーンが大統領の居場所を突き止め、御庭番衆が救出に向かうことを知ったバートンは源柳斎に、自分たちも大統領の救出に行かせて欲しいと頼み込む…

シャドーニンジャとスペースニンジャを撃退して隕石を守ったバートン、ベレッカ、バーン、エマたちだったが、なぜか御庭番衆たちに取り囲まれてしまう。「隕石は預かろう」と御庭番衆はバートンたちに提案するが、その言葉を信用できないバートンは自分たちが持ち帰ると断るのだった。そして隕石の到着を待つＷＮＡ本部では、アレンが幹部たちを前に…

スペースニンジャとシャドーニンジャから狙われた隕石を守るため、バートン、ベレッカ、エマ、バーンはレナードと一緒に、隕石のある採掘場を目指していた。前夜に戦ったシャドーニンジャのヘビマルの話になるとレナードは、「ヘビマルは必ず戻ってくる」と一同に告げる。その頃、ヘビマルは殺気を帯びた表情を浮かべ、他のシャドーニンジャとは離れて単独行動を開始する…

オエドの採掘場で隕石の掘り出しが完了し、ＷＮＡの研究者は隕石のコアを取り出す作業を開始する。その時、辺り一帯を埋め尽くすほどのスペースニンジャがうごめいていた。ＷＮＡ本部にも掘り出し完了の報告が入り、アレンは隕石のコアをＷＮＡ本部に急ぎ持ち帰るよう指示を出す。そんな動きに不審を抱く源柳斎はバートンたちに内密でオエドに向かう指示を与える…

バートンとエマは、謎の大男ニンジャマンと激しい戦いを繰り広げていた。その時、ニンジャマンの右手から猛烈な火炎が噴き出され、バートンたちは行く手を阻まれて絶体絶命に！　そこへバーンとカッペイ、ルーシーがやって来て、バートンたちを助け出す。ニンジャマンと戦えることに興奮したルーシーは攻撃を仕掛けるが返り討ちにされて、眼帯を外す。その瞳が怪しく輝くと…

バーン、カッペイ、ルーシーとモノレールに乗るエマの耳に、突然、どこからか「怪我人は出さない。我が輩はヒーローであるが故に」という声が聞こえる。程なくして、ガガっと車内に衝撃が！　なんと、レールが切れ、高架から飛び出したモノレールは今にも落ちそうな状態で停車していた。その時、黒いマントに身を包んだニンジャのような大男が現れた…

アジトにこもって、とある発明のために作業をしているバートン。しかしその傍ではダンスをしているエマや、スケボーで競り合うバーンとカッペイの姿。発明の完成を急ぐバートンだが、ゴローやガムッチまで現れ、さらにベレッカに声を掛けられ、集中できない。そこへ来たルーシーが実験中のフラスコを割ってしまうと液体が爆発し、とうとうバートンの堪忍袋の緒が切れる…

バートンたち８人は訓練場に集まり、自主練でサバイバルバトルをすることに。それぞれガムウェポンを出す中、バーンとカッペイが競い合うようにニンジャガムを大きく膨らませると超巨大ガムウェポンが出現。そして２人の超巨大ガムウェポンの攻撃がぶつかりあう時、突然光に包まれ、全員がうんちの姿に！

ＷＮＡ本部では幹部たちが集まり、会議が開かれていた。その時、突然室内の明かりが消えると警告音が鳴り、緊急用の赤い非常灯がつく。ＷＮＡのシステムが外部からのハッキングを受けたことが分かり、ざわつく幹部たち。一方、ジェーンは街のバーガーショップで会計をしようとＷＮＡカードを店員に出すのだが、そのカードは使えなくなっていた…

エントランスに座る、やる気なく、たるんだ態度のアカデミーの生徒たち。そこへあくびをしながら現れたバートンにダンは、生徒がたるんでいる元凶はお前だと、難癖をつける。生徒たちの態度にニンジャの未来を案じ、教師には呆れ返るダン。ため息を漏らすと、ふと、あることを思いつく。そこでダンは、校長に「生徒会を作りたい」と申し出る…

いつものようにダジャレを連発して生徒たちを困惑させているブルース。そのダジャレの一つに、ロンは既視感を覚える。だが、それをいつ、どこで聞いたのかまでは思い出せなかった。休み時間、宿直室のカギをなくして焦るブルースの前にロンが現れる。ブルースを落ち着かせようと、その両肩をロンが両手でガシッと押さえた瞬間、二人は同じことを思い出す…

アカデミーの食堂では、エイミー先生が畑で育てたカボチャを使った特製パイが振る舞われた。するとバーンが、幼い頃に好きだった絵本について話し出す。それは、カボチャを食い荒らすデビルアントを、ヒーローのカボチャ大魔王が退治する「カボチャ大魔王」という絵本。バーンたちがその絵本について話すのを、ブルース先生は寂しそうに聞いていた…

河原で、捨てられていた竹刀を拾ったカッペイ。足音がして振り返ると、そこには困った顔の少年ジミーが立っていた。カッペイが竹刀を捨てた理由を聞くと、ジミーは、道場に何年も通っているが上達せず、今度の進級試験で１勝もできなければ道場をやめなくてはいけないと打ち明ける。すると、カッペイが指導を買って出る…

夜のＷＮＡアカデミーの寮。生徒たちは見回りをサボって参加したブルース先生も交えて怪談話に興じていた。そしてルーシーの番。最近アカデミー内でもちきりになっている、生徒たちの身に起きた身の毛もよだつ“噂”があると言う…。バートンたちはその真相を確かめようと、夜のアカデミーに足を踏み入れる。

寮内で「今日ハ休日デス」と知らせて回る黒子。その横を、大量のリンゴを持った食堂のおばちゃんが通ると、リンゴが一つ、黒子の頭に落下。すると黒子は倒れ、手をバタバタさせて回りだす。そこへナオミが現れ、黒子をバシっと叩いて直してしまう。助けてもらった黒子は恩返しをしようと、ナオミに困っていることが無いか尋ねる…

ＷＮＡアカデミー所有のプライベートビーチにビーチキャンプにやって来た生徒たち。早速バーンとカッペイは海へ駆け込み、猛スピードで泳ぎを競っていると、同じく海に来ていたキースとタイラーに遭遇する。さらに、ダンの声も聞こえ、バーンとカッペイが振り向くと、そこには浮き輪にシュノーケル、水中ゴーグルなど、フル装備のダンがいた…

ニンジャラチャンピオンシップ決勝戦は４人に絞られた。競技場ではロンとタイラー、ルーシーとメイがそれぞれ激戦を繰り広げている。ルーシーとメイは互いに激しい打ち合いをしながら勝負を楽しんでいた。一方、間合いを詰めながら、隙を探り合って戦うロンとタイラー。その時ロンは、タイラーの構えを見て、あることを思い出す…

ニンジャラチャンピオンシップ予選が終わり、決勝へ進出する10名が決まった。バートンは、決勝進出者それぞれの予選での戦いを思い返しながら、決勝戦での作戦を練っていた。バートンはあることを思いつく。そのころダンはＷＮＡアカデミーに入ってからのことを思い出していた…。そして、ニンジャラチャンピオンシップ決勝戦が始まる！

ルーシーはＷＮＡアカデミーの寮へ戻ってくると、自分の部屋に手紙が挟まっていることに気付く。差出人はルーシーの両親からだった。両親が試合を見に来ることをルーシーがエマたちに話していると、封筒から一枚の写真が落ちる。写真にはＷＮＡアカデミーに来る前の、眼帯をせず、今とは雰囲気の違うルーシーの姿があった…

ニンジャラチャンピオンシップに出場するバーンを応援するためにバーンの母親がＷＮＡアカデミーを訪れる。母から、ケガを負った父が順調に回復してると聞かされ、やる気をみなぎらせるバーンだったが、いったい父はあの時誰に襲われたのか、その真相を解き明かそうと仲間とともに調べ始める。

予選突破に向けて特訓中のカッペイは、トレーニングをするメイを目撃する。一見、鈍い動きに見えたメイだが、体に着けていた重りを外すと、たちまち丸太を木っ端みじんにしてしまうのだった。そしてカッペイの成長を一目見ようと、源雲斎がオエドからやって来る。双子の弟・源柳斎の大好物を手土産に持参するが、目を離したすきにゴローに持ち逃げされてしまう…。

ニンジャラチャンピオンシップの予選を前にしたタイラーに、熱い言葉を掛けるダン。タイラーはダンに微笑を向けると、スマホの待ち受けの写真を見て、過去を懐かしむ。そこには、つり橋の前でポーズをとる幼い頃のダンとタイラーたちの姿があった…

ニンジャラチャンピオンシップが開幕し、予選を勝ち進んだバートンをたたえる仲間たち。別の教室ではダンがクラスメイトに、バートンたちの忍者らしからぬ行動の数々を嘆いていた。そんな中、キースはカモ料理を食べに行こうと教室を出ると、行く手を遮るバーンとカッペイから大食い対決を申し込まれる…

ニンジャラチャンピオンシップで優勝するため、源柳斎に特訓を申し込むベレッカ。源柳斎の助言で、ベレッカは自分の能力を最も引き出せるガムウェポンをイメージすることに。その時、ネコのゴローがすり寄るとベレッカの両手に、ネコのような素早いフットワークができるガムウェポンが出現する！

ＷＮＡアカデミー・ナンバーワンを決めるニンジャラチャンピオンシップの開催が発表された。やる気をみなぎらせる生徒たち。ベレッカは「どうしても優勝したい」とバートンに強い決意を伝えるのだった。そんな様子を二つの人影が見ていた…

シャドーニンジャの施設である隕石の採掘場に突入したＷＮＡアカデミーの生徒たち。橋の爆発によってルーシーとエマは水路へ流され、バートン、ベレッカ、ロンは奈落の底へ落下した。難を逃れたジェーンたちはマキフォンでルーシーに連絡をすると、「エマが全然起きない」という返事が…

オエドの採掘場に潜入しようと様子をうかがうベレッカたち。この大規模な採掘場では、シャドーニンジャが周囲を監視していた。資材を搬入するトラックに隠れて採掘場の中に入ることに成功するが、目的の場所へ行くエレベーターの前にはさらに見張りが立っていた…

スペースニンジャを倒したことを祝って、WNA本部ではアレンが演説をしていた。その様子を苦々しく見ていたロン。バートンはそんなロンをイーグルシティで開催中のカーニバルに誘い出す。一方、演説を終えたアレンは執務室でツキカゲに、ある命令を下す…

とあるビルの巨大看板の前に集まったスペースニンジャたちは、何かを企む表情を浮かべていた。一方WNAでは諜報部長官であるアレンが、大量のニンジャガムを使ってスペースニンジャをおびき出し、一気にせん滅するという作戦を提案。作戦には討伐隊だけでなくアカデミーの生徒も参加することに…

忍務を終えたバートン、ロン、バーン、ルーシー、エマはWNAアカデミーへと歩いていた。背後に気配を感じたエマが振り返ると、そこに１体のスペースニンジャの姿が！　優しそうな顔で何かを訴えるスペースニンジャに、いきなり攻撃するルーシー。あっけなく気絶してしまったスペースニンジャを見たバートンは、ある考えを話し出す…

父・ショーンが命を落としたのはシャドーニンジャに襲われてのことだったと知ったベレッカ。その場所を自分の目で確かめるため、ベレッカはジェーン、カッペイとともにオエドへ向かう。オエドに到着するとカッペイの祖父・源雲斎と、バートンから忍者便で送られてきたゴローが待っていて、ともにシャドーニンジャの動きを探ることに…

ベレッカが幼い頃、研究者であった父は調査活動中の事故で命を落としたのだという。その父の同僚であり親友だったレナードと遭遇するベレッカ。何者かに命を狙われているというレナードは、再会場所のメモを渡すとすぐに立ち去ってしまった。源柳斎に相談したベレッカたちは、追っ手から彼を守りながらアジトまで連れてくることに…

とある岬で未確認生物が目撃された報告を受け、バートンたちは調査を行うことに。現地へ向かうバスの中には見知らぬ女性が一人。バカンス中のエイミー先生の代わりに来た、デイジー先生だった。やがて一行は、不穏な雰囲気を放つ海辺の村に到着する…

倒しても倒しても一向に減らないスペースニンジャに頭を悩ませるWNAの幹部たち。その生態を把握するため、バートンたちにある忍務がくだされた。それは、スペースニンジャを尾行してすみかを突き止めるというものだった。順調に１体のスペースニンジャの尾行を始めたバートンたちだったが…

スペースニンジャの偵察忍務を行うため、バートンたちはジャングルへ向かうことに。ただ、そこにロンとジェーンの姿はなかった。仮病を使って授業を欠席した2人は、WNAで起きている不審な動きを突き止めるため、本部への侵入を試みようとしていた。そしてジャングルでは…

地球外生命体の出現により、ＷＮＡでは討伐隊が結成された。そして、生徒たちは初忍務を任される。それは、謎の浮遊する光が目撃された洞窟に討伐隊よりも先に行き、その正体を確かめるというもの。洞窟の入り口に一同が到着すると、今回の忍務のために臨時で配属されたクリス先生が待っていた…

ＷＮＡ本部のラボでは未確認生命体がカプセルの中に囚われていた。深夜、その未確認生命体が眠りから目を覚まし、カプセルを破壊して脱走しようとしていると、何者かがやって来る。その侵入者が機材のスイッチを触ると、未確認生命体がいるカプセルのふたは開かれてしまうのだった…

バートンは、有名な物理学者の講演会へ一緒に行こうと、ベレッカと約束をしていた。しかし当日、バートンの姿はどこにも無く、ベレッカは他の生徒たちに聞いて回るが、誰も彼の行方を知らない。ロンの姿も無かったことから、ベレッカはよからぬ想像を巡らす…

野外訓練でジャングルにやってきたバートンたちは、ポリスとギャングに分かれて、ニンジャガムを使った追いかけっこバトルをすることに。エマとカッペイがポリスチームとなり、その他の生徒は２人に捕まらないよう、散り散りになっていく。そうした訓練が行われる中、ガサガサと揺れる藪の中から、何者かが生徒たちを見ていた…

バートンたちがやって来たのは、寂れた建物が並ぶゴーストタウン。そこでニンジャの基本中の基本、隠れることを学ぶため「かくれんぼ」をすることに。すると、ルーシーが、このゴーストタウンでは得体の知れない怪物が出ると言い出す。町を囲む森の茂みでは何者かの眼が光っていた…

初めての屋外訓練に挑戦することになったアカデミーの生徒たち。バートン、ベレッカ、ロン、エマはヘリから密林に降下し、バーン、カッペイ、ルーシー、ジェーンは砂漠に降り立つ。それぞれのチームは、ニンジャガムに頼らずに、自力でアカデミーを目指すことになった…

ある日アカデミーに途中入学してきた2人の子供は、ロンとジェーンと名乗る。かつて、ニンジャガムの開発を共にしていたロンなのか？と驚きを隠せないバートンとベレッカ。アカデミーのデータを改ざんして入学したロンとジェーンには何か企みがあるようで、２人は時折、不穏な空気を放ちながら言葉を交わす…

WNAアカデミーが休みの日。街の一角でストリートダンスをしていたエマの耳に、犯罪を企てる男たちの声が聞こえてくる。一方その頃、ビルの屋上から町を見下ろしていたルーシーは、まさに今、トラックを盗もうとしている２人の男の姿を目撃する。正義感の強いエマと好奇心旺盛なルーシー、それぞれの奇妙な尾行が始まる！

WNA本部にあるサーバー室への潜入を企てたバートンとベレッカ。どうにかこうにか本部の屋上へとたどり着き、通風ダクトからの侵入を試みる。点検作業の10秒間だけ回転が止まる排気ファンの隙間を通って先へ行こうとするのだが、バートンはリュックが挟まり、身動きが取れなくってしまう…

ついに始まったアカデミーでの生活。バートンら6人の担当になったのはマッチョなブルースと、セクシーなエイミー。各々がアカデミーでのルールなどについてブルースに質問をする中、ルーシーは「ここ、やめたくなったら、やめてもいい？」と、みんなが驚くようなことを言い出す…

子供の姿になったバートンとベレッカは、入学式が行われるWNAアカデミーへ行き、新入生としてまぎれこもうとする。そこには、バーン、カッペイ、ルーシー、エマらの姿もあった。そして校長が、ニンジャとしての素質があるかどうかを見極めるため、バートンとベレッカの瞳を覗き込む…

倉庫街では、マフィアたちによる闇取引が行われていた。そこへ颯爽と現れる、天才ダンス少女のエマ。彼女は踊るようなアクションでマフィアを撃退。その様子を目撃者がスマホで撮影し、ニュースとして拡散した。これを見たWNAの職員ウォーレンは、エマに接触を試みることに…

明るい性格で友達思いの少女ルーシーは仲良しのサツキ、サリーと一緒に、アイスを食べながら歩いていた。すると、サツキが誤って、二人組の不良の一人にアイスをつけてしまい、トラブルに。友達を助けようと「やめろ！」と叫ぶルーシー。その時、ルーシーの右眼は赤い閃光を発し…

運動神経バツグンな少年バーンは、大好きなバスケットボールで今日も大活躍。ある日、離れて暮らす父親の夢を見るが、夢の中で父は何者かに襲われてしまう。胸騒ぎをおぼえたバーンは意を決し、父の家へ。そこでバーンは、父と忍者が戦う場面に遭遇し…

ニンジャガムによって子供の姿になってしまったバートンとベレッカ。２人はそれまでWNA（世界忍者協会）で「ニンジャガム」の開発をしていたが、その研究所も封鎖されてしまった。為す術なく、それぞれの自宅へと帰っていくが、彼らの家はすでに何者かによって解約され、スマホも使えない状態になっていた…

忍者の末裔が噛むと、潜在能力を強力に引き出すことができる「ニンジャガム」。その開発を極秘でおこなう研究員のバートン、ベレッカ、ロンの3人は、実験を始めて丸３年、失敗記録を更新し続けていた。そんなある日、いつものように失敗に思われた実験だったが…