人はみな 誰にも見せぬ自分を 持っている――世界各国が水面下で熾烈な情報戦を繰り広げていた時代。東国(オスタニア)と西国(ウェスタリス)は、十数年間にわたる冷戦状態にあった。西国の情報局対東課〈WISE〉所属である凄腕スパイの〈黄昏〉は、東西平和を脅かす危険人物、東国の国家統一党総裁ドノバン・デズモンドの動向を探るため、ある極秘任務を課せられる。その名も、オペレーション〈梟〉。内容は、“一週間以内に家族を作り、デズモンドの息子が通う名門校の懇親会に潜入せよ”。〈黄昏〉は、精神科医ロイド・フォージャーに扮し、家族を作ることに。だが、彼が出会った娘・アーニャは心を読むことができる超能力者、妻・ヨルは殺し屋だった！3人の利害が一致したことで、お互いの正体を隠しながら共に暮らすこととなる。ハプニング連続の仮初めの家族に、世界の平和は託された――。
恋愛ドラマで盛り上がったベッキーは、写真で一目ぼれしたロイドに会うべくフォージャー家を訪れる！ 必死にロイドにアプローチするベッキー。そしてアーニャも裕福になる暮らしを想像して、「なしじゃない」と少しだけベッキーの恋路を応援⁉ そこにヨルがボンドの散歩から帰ってきた。ライバル(?)との直接対決にベッキーの闘志が燃え上がり……!!
殺し屋の襲撃と爆弾騒動から一夜明け、クルーズ船はリゾート島に到着。ロイドとアーニャはヨルと合流して、家族一緒にバカンスを楽しむ！アスレチック、乗馬、シュノーケリングなど、数々のアクティビティを満喫してアーニャもすっかりご満悦！そんなアーニャの笑顔を見て、ヨルはこの平和を噛みしめるのであった。
ロイドは保安局員たちの動きから、船内に爆弾が仕掛けられていることを知る。急いでアーニャを託児所に預け、元軍人に変装して爆弾処理へ。そしてアーニャもまた、ヨルを助けようと託児所を抜け出していた。駆け付けた通路でヨルが落とした武器を見つけたアーニャは、武器を甲板へと放ち――！
花火大会を前に賑わうクルーズ船のデッキ。アーニャもロイドと一緒に花火を楽しんでいた。その一方で、ヨルの任務はいよいよ佳境へ。オルカたちを脱出させようとするが、殺し屋たちに囲まれてしまった！夜空に綺麗な花火が打ち上がる中、ヨルは殺し屋たちとの死闘で鮮血を飛び散らせる!!
アーニャの機嫌を取ろうと、「楽しく愉快な父親」を目指してお土産を選ぶロイド。一方その頃、護衛任務中のヨルは、殺し屋の一人・鎖鎌使いのバーナビーと対峙していた。殺し屋たちの襲撃が激しさを増していくなか、ヨルは〈いばら姫〉として戦う理由を自問自答するのであった……。
クルーズ船に乗ったヨルは客室でオルカたちの護衛についていた。一方ヨルの上司・マシューは、オルカたちを狙う殺し屋を船内で発見。捕まえて問い質すと、大量の殺し屋たちが乗り込んでおり、それぞれが独自にオルカたちを狙っているという。その頃、ヨルが控えるオルカの部屋のドアを、何者かがノックして……。
ヨルは〈いばら姫〉の任務として、豪華客船での市役所の業務を装いながら、裏組織のグレッチャー家の生き残り、オルカとその子どもを国外に逃がすため護衛することに一方、アーニャは福引でクルーズ船の旅行を引き当てる！ その船は、奇しくもヨルが任務で乗る船と同じだった。大波乱のバカンスが始まる――!!
知恵の甘味 イーデン校の学食に幻のスイーツが登場！食べた者は“”になれると言われる 限定マカロンをめぐり、アーニャたちの熾烈な頭脳戦が開幕!! 情報屋の恋愛大作戦Ⅱ カフェの店員に恋をしたフランキーは、彼女のために逃げた飼い猫を探すことに。途中で出会ったヨルの協力も得て捜索を続ける中、フランキー自慢の発明品が威力を発揮する⁉
任務と家族 秘密警察の仕事に精を出すユーリ。この日は東国を揶揄する記事を西国に売っていると疑わしい元新聞記者を調査することに。調査を続けるユーリは、元新聞記者の胸中や家庭状況を知るが……。 華麗なるボンドマン アーニャが大好きなアニメの主人公・ボンドマン。華麗なるスパイの活躍に迫る!! 子ども心／目覚まし フォージャー家やイーデン校生たちのゆかいな日常を紹介!!
ボンドの生存戦略 不穏な未来を予知し、ヨルの手作りご飯が原因だと考えたボンド。運命を変えるため、ロイドを探しに家を出る! ロイドを見つけるボンドだが、〈WISE〉の任務の最中ですぐに帰れそうになく……。 ダミアンの野外学習 寝坊の罰で寮母を手伝うことになったダミアン。ダミアンを放っておけないエミールとユーインも、わざと罰を受けて合流する。そんな彼らにヘンダーソンは、グリーン先生との野外学習を命じて……!?
〈ガーデン〉の仕事で負傷したヨルは、痛みをこらえながら帰宅。その様子にロイドは、自分が彼女を不機嫌にさせたと勘違い！ 翌日、ロイドはヨルの機嫌を取るためにデートに誘い、ヨルも普通の妻としての行動を学ぶため張り切ってこれを受ける。そしてお留守番のアーニャは、フランキーとともにデート中の二人を尾行するのであった。
