820年に及ぶ長い眠りから目を覚ましたカディス・エトラマ・デ・ライジェル。彼は高貴なる血と精神を持つ貴族の守護者、「NOBLESSE」である。 ライジェルと再会した忠実な執事であるフランケンシュタインは、彼を守るため、自身が運営する私立芸欄（イェラン）高等学校に生徒として迎えた。その後、しばらく学校で同じクラスの生徒と交わり、ライジェルは素朴で平穏な日常を過ごしていた。 そんな平穏な日々に突如終わりが訪れ、ライジェルたちは激動の渦に呑み込まれていく…。 迫りくる世界征服を目論む謎の組織「ユニオン」からの刺客、「NOBLESSE」として守るべき存在である「貴族」の影、そして、徐々に明らかになっていく、820年の永き眠りにまつわる秘密…。 守るべき人たちのため、自らの絶対的な力を使わなければならなくなっていくライジェル…その時、世界が、動き始める―。
ユニオンの特務部隊DA-5に捕まってしまったM-21。しかし、逆にこのチャンスを利用して昔の仲間たちに関する情報を探ろうと試みる。自分の思い通りにことが運ばないシャークは、M-21に替わる、他のターゲットを探し始めるが…。そんな中、田代とセーラは道端で困っていたタキオと偶然出くわし、加瀬はハッキング対決をしたタオと予想外にも意気投合する。
いつの間にか平凡な日常に溶け込んでいたM-21。ことあるごとに対立していたレジスとの間にも少しずつ信頼感が生まれる。加瀬はセキュリティシステムをハッキングしようとしていたタオと、思いがけずハッキング対決を繰り広げることになる。一方、ユニオンの特務部隊DA-5は、ついにM-21の居場所を突き止める…
日本で起きた一連の事件を調査するため、貴族のレジスとセーラが芸欄（イェラン）高校にやってくる。ライジェルとフランケンシュタインは正体を隠しながら二人と接するが、レジスとセーラはM-21が改造人間であることに気づき、警戒する。一方、下校中に田代がまた不良とのケンカに巻き込まれ…。
貴族の守護者ライジェル、彼の忠実な執事であるフランケンシュタイン、ユニオンの実験体だったM-21は、正体を隠したまま私立芸欄（イェラン）高校で日常を過ごしている。平穏な日常を送っていたが、ある日、高校に過激な集団が乗り込んできて…！生徒達を守るため、M-21は選択を迫られる。そして、その頃謎の戦闘部隊 DA-5 が、調査の任務を帯びて日本へ派遣され…。果たして彼らの平和な日常はどうなってしまうのか？
