2014年、機械嫌いの高校生・夏目アキラは自分を変えたいと思い一歩を踏み出す。が、トラックに轢かれる──。 そして2030年東京港湾部、未知の兵器『EX-ARM』取引現場に潜入した警察・上園美波とアンドロイド・アルマのコンビを『EX-ARM』No.08を装備した敵が襲う。彼女たちは起死回生を賭け、敵から奪った『EX-ARM』No.00を起動させるが…!?
入谷重工が開発した戦闘用ボディ、オーガに接続したアキラ。初めて接続するにも関わらず、自在にオーガを制御し、エルミラの二脚戦車に反撃を開始する。 「戦うことだけが存在意義」と言うエルミラの言葉に、失っていた記憶を呼び覚まされたアキラは、オーガのまま暴走し、驚異的な力でエルミラとモラウを倒す。それでも暴走がおさまらないアキラを、美波とアルマが正気に戻すのだった。
アキラたち対策課一同は、日本に亡命中のムアンジ共和国元大統領、ジェイソン・モラウが保持するエクスアームを回収する為、モラウの屋敷がある経済特区へと向かう。 しかし、モラウのアンドロイド、エルミラが二脚戦車に乗って現れ、エクスアームと思われる能力でその行手を阻む。対象物を消失させるエルミラの攻撃に、太刀打ちできない対策課、戦う術もないアキラ。そこに、士牙が送り込んだ追加装備が到着する。
士牙によってほぼ強制的に警視庁エクスアーム対策課に入れられてしまったアキラ。戸惑いつつも都内で自爆テロ事件が次々に発生し、アキラもその原因を探る事に。そんな中、爆破テロ現場の側で小春という少女と出会い、小春もテロの犠牲になりそうに！アキラは対策課のメンバーと連携して、犯人を捜すのだった。
2014年の東京。ごく普通の高校生、夏目アキラはある日、交通事故にあってしまう。目が覚めると、そこは2030年の東京湾にうかぶ密輸組織の船の中で脳だけの姿になっていた。混乱するアキラだったが、警察官の上園美波とアンドロイドのアルマとともに、謎の兵器「EX-ARM」を狙う敵の攻撃を受け、大ピンチ！
