杉下右京（水谷豊）が係長を務める警視庁内の窓際部署「特命係」を舞台にした刑事ドラマ。 超人的な推理力・洞察力を持つ右京が相棒や、米沢守や、角田六郎等の協力者と協力しながら、難事件の捜査を展開し、謎を解き明かしていくミステリドラマを軸とする。併せて相棒や彼らを取り巻く刑事達との人間模様、警察組織との摩擦、社会的な問題、それらに複雑に絡み合う官僚・政治家の陰謀などが併せて展開されている。
大晦日。市民合唱団に入団した美和子（鈴木砂羽）と小手鞠（森口瑤子）は、年末コンサートを前に練習の真っ最中。その頃、右京（水谷豊）は、陣川（原田龍二）の付き添いでデパートの宝石店にいた。相変わらず恋多き陣川は、出産を控えた“運命の相手”にプロポーズするため、指輪を購入したいらしい。いっぽう、薫（寺脇康文）、伊丹（川原和久）、益子（田中隆三）の3人は、警察学校時代の同期・澤田菜穂（櫻井淳子）の自宅を訪れ、夫の正志（藤本隆宏）を紹介されていた。同じ頃、芹沢（山中崇史）と麗音（篠原ゆき子）は、角田（山西惇）の応援で、喫茶店に潜入中。容疑の掛かった反社会的組織の関係者を待ち伏せているようだ。
廃墟ビルで二人の遺体が発見された。一人はビルの管理を委託されている高齢男性。死因は心不全と思われた。もう一人は、複数の前科がある加納（山口馬木也）という中年男性で、死因は絞殺。警察は仲間割れか口封じの線で捜査を始める。ただ、現場の状況が奇妙で、加納の背中や周囲の床には、なぜか発光するキノコが生えていた。その光景に興味津々の右京（水谷豊）は、薫（寺脇康文）とともに動き始めるが、問題のキノコはネットにも図鑑にも載っていない珍しいものだった。2人は手掛かりを求め、キノコ研究の第一人者や環境保護専門の科学者を訪ね歩くことに。話を聞くと、そのキノコは莫大な利益を生む可能性を秘めた、世界が注目する幻の品種であることが分かる。さらに捜査を進めると、加納が環境保護団体を立ち上げていたことが判明。電話番の相場（中尾暢樹）が言うには、加納にはオモテとウラの顔があったらしく…!?
右京（水谷豊）は、携帯の電波さえ届かない、山奥のペンションにいた。宿泊客は、小説家の岸（ふせえり）とお付きの編集者など、右京を含めて7人ほど。思い思いに過ごしている様子を見る限り、いずれもくせ者揃いのようだ。いっぽう、オーナーの樫村（福士誠治）は、黙々と仕事をこなす誠実な人物の様子。ただ、その表情にはどこか陰があって…。同じ頃、温泉宿で休暇を満喫中の薫（寺脇康文）は、美和子（鈴木砂羽）に促され、気になる映像を目にしていた。たまたま撮られたと思われるその映像には、ビルから転落する男と共に、右京らしき人物の姿が映っていた。翌朝、残りの休日を返上して出勤した薫は、自分の留守中、右京が違法薬物の摘発を手伝っていたと聞く。その捜査過程で浮上した怪しい人物の自宅を訪れると、男はすでに不審死を遂げていたという。そんな中、右京が滞在中のペンションでは、不穏な出来事が次々に起きて…!?
総理大臣の藤原 （柴俊夫）が、遠隔操作の爆弾で襲撃されるという不測の事態が発生。議員殺害事件から続くこの状況は、1900年代初頭、当時内務卿だった大久保利通と、時の総理大臣・伊藤博文が相次いで暗殺された歴史的大事件に通じるものがあったが、警察は犯人の狙いすら掴めずにいた。いっぽう、臨場した右京（水谷豊）は、現場の痕跡から、テロ実行に闇バイトが使われていた可能性に気づく。その推理は的中し、手掛かりをたどっていくと、一連の事件にある人物が深くかかわっていることが判明。警察はその線で捜査を進めるが、右京は一人、違和感を覚えていた。 そんな中、高田（加藤清史郎）が勤務する交番を訪れた右京と薫（寺脇康文）は、高田から「議員殺害事件の現場に同行してほしい」と頼まれる。右京の捜査手法を肌で学びたいのだという。改めて現場検証を行う一行。すると、残されていた血痕から、思いも寄らない事実が浮上。ところがその直後、手分けして捜査にあたっていた薫と高田が絶体絶命の窮地に。さらに、政界を裏で操る利根川 （でんでん）の周囲でも不穏な動きがあり…。
右京（水谷豊）が『警視庁150年史』のまとめを命じられる中、元・国家公安委員長で現在は衆議院議員を務める芦屋（並樹史朗）が殺害される事件が発生。さっそく臨場した右京と薫（寺脇康文）は、一課の捜査を横目に動き出す。 いっぽう、事件を受けて、政治の中枢にも衝撃が走っていた。「キングメーカー」の異名を持つ与党幹事長の利根川（でんでん）にとっては、支持率が低迷する総理大臣の藤原（柴俊夫）に見切りをつけようとしていた矢先の青天の霹靂。また、内調のトップである社美彌子（仲間由紀恵）から一報を受けた藤原も、解散総選挙という窮余の策を封じられ、ショックを隠せないでいた。 現場に残された手掛かりを追っていた右京と薫は、思わぬ人物と遭遇する。それは、かつて右京が事件を通じて知り合い、新たな人生への一歩を手助けした高田創（加藤清史郎）という青年だった。現在、警察官として地域課に勤務する高田は、付近で不審な人物を見掛け、追い掛けていたという。高田の情報から新たな手掛かりを得た右京と薫は、手分けして事件を追うことに。今回の捜査に前のめりの高田は、同じ交番勤務の先輩・仁科（内野謙太）との関係も良好で、すっかり警察官の顔になっていた。しかし、その後、事件は異様な展開を見せ始める。今から約150年前、警察黎明期に起きた、時の内務卿・大久保利通暗殺など、当時の緊急事態をなぞるかのような重大な事件が次々に起きて…!?
