“いじめられっ子”の南雲ハジメは、クラスメイトと共に異世界へ召喚されてしまう。つぎつぎに戦闘向きのチート能力を発現するクラスメイトとは裏腹に、錬成師という地味な能力のハジメ。異世界でも最弱の彼は、あるクラスメイトの悪意によって迷宮の奈落に突き落とされてしまい――!?脱出方法が見つからない絶望の淵のなか、錬成師のまま最強へ至る道を見つけたハジメは、吸血鬼のユエと運命の出会いを果たす――。「俺がユエを、ユエが俺を守る。それで最強だ。全部薙ぎ倒して世界を越えよう」奈落の少年と最奥の吸血鬼による“最強”異世界ファンタジー、開幕！――そして、少年は“最強”を超える。
それぞれが自らの戦いを終える一方で、虚像との対峙に苦戦する光輝。光輝は自身の弱い部分を受け入れられず、虚像は強化され続けてしまう。ハジメと雫が光輝のところへたどり着くが、虚像に飲み込まれた 光輝は殺意と憎悪をまとい、ハジメに向けて凶刃を振るうのだった。
他のメンバーが自身の虚像に打ち勝つ中、ユエも虚像と戦っていた。虚像に過去を幻視させられながら戦う中で、自分が何者なのか疑問を持つようになっていくユエ。虚像を撃破し、シアと合流したユエが、自分に何かあったらハジメをお願いとシアに告げると、シアは激昂し――。
先へ進むハジメが合流したのは、虚像に打ちのめされ、戦意を喪失した雫だった。虚像は自分の一部でしかなく、大事な想いは雫自身が持っていると励まされた雫は再び立ち上がる。一方、他のメンバーもそれぞれが自身の虚像と戦っていて――。
氷雪洞窟の攻略を進める一行だが、それぞれが別々の場所に転移させられてしまう。ハジメは転移した先で、自らの虚像と対峙していた。虚像は戦いの中で、殺人をも厭わない今のハジメが元の世界の人間に受け入れられるわけがないと告げ、ハジメの動揺を誘う。
氷雪洞窟を進むにつれ、自身を苛むような幻聴は光輝だけでなく全員に聞こえるようになっていた。しばしの休息をとるが、その後も一行への異変は収まらず、敵に向けて放った攻撃が味方に向かうようになってしまうのだった。
魔人族のフリードと恵里が不穏な動きを見せるなか、ハジメたちはシュネー雪原にある最後の大迷宮である氷雪洞窟の攻略を開始していた。順調に氷雪洞窟を進む一行だが、光輝の様子がおかしくなり始める。
6つ目の大迷宮・ハルツィナ樹海を攻略し、神代魔法のひとつ昇華魔法を手に入れたハジメたちは、解放者リューティリスから元の世界に帰るための確かな手がかりを得る。そしてフェアベルゲンでしばしの休息をとるなか、ハジメはシアにあることを告げる。
魔法によって敵と味方に対する感情が反転してしまったハジメたちは、それぞれが憎み合い、敵として立ちはだかる“黒光りするアレ” に好感情を抱くようになってしまう。しかし、ハジメとユエは互いを憎み合いながらも敵に対してとる行動は以前と変わらないようで――。
全てが理想通りの夢の世界から脱出し、ハジメは大迷宮の試練のコンセプトが今まで育んだ仲間との絆と精神力を試すことではないかと推測する。遂に最奥にたどり着くが、そこで待ち受けていたのはハジメすらも恐怖する“あの”存在だった。
ハジメたちは６つ目の大迷宮・ハルツィナ樹海へ。攻略を始めようとする一行だが、突如ハジメがユエ、ティオ、龍太郎を拘束してしまう。ハルツィナ樹海に入る際に３人に擬態したスライムと入れ替わっていたのだ。消えた３人を探しながら攻略を進める一行の前に一体のゴブリンが現れる。
ハウリア族は帝国に勝利し、ガハルドに亜人族の奴隷解放と樹海への不可侵を誓わせることに成功する。フェアベルゲンで祝勝会が開かれている傍ら、ハジメはシアにハウリア族の集落の奥にある大樹に案内される。そこは、今は亡きシアの母親が眠る場所だった。
ハジメたちはリリアーナとバイアスの婚約祝いを兼ねた歓迎パーティーに出席することに。 その裏ではハジメの助力を得たカムたちハウリア族がパーティーを襲撃するため、ひそかに動き出していた。互いの矜持をかけた帝国と最凶ウサギの戦いが遂に始まる。
ハジメたちは帝国に戦争を仕掛けるハウリア族を支援することに。一方、帝国ではリリアーナが皇帝ガハルドに王都復興の協力を要請していた。ガハルドはある条件と引き換えに協力を承諾する。交渉の最中、帝都にハジメたちも乗り込んできて、ガハルドは興味を示す。
ヘルシャー帝国に囚われたハウリア族を救出するため、帝都へやってきたハジメたち。ハウリア族が収監されている帝城に忍び込むため、ハジメは勇者パーティーにとある作戦を依頼する。
魔人族の侵攻を退け、神の使徒・ノイントをも撃破したハジメたちは、ヘルシャー帝国との交渉に臨むハイリヒ王国の王女・リリアーナを送り届けることに。その道中、フェアベルゲンが帝国に侵攻され、シアの父であるカムが帝国に囚われていることを知る。
