ツツジ台に住む高校1年生の響裕太は、ある日目覚めると記憶喪失になっていた。そして裕太は古いパソコンに映る『ハイパーエージェント・グリッドマン』と出会う。グリッドマンは使命を果たせと語りかけ、裕太はその言葉の意味と記憶を探し始める。突然の事に戸惑いつつも、クラスメイトの内海将や宝多六花、新条アカネたちに助けられながら毎日を送る裕太だった。が、その平穏な日々は、突然現れた怪獣によって容易く踏みつぶされた。
ツツジ台に住む高校1年生の響裕太は、ある日目覚めると記憶喪失になっていた。そして裕太は古いパソコンに映る『ハイパーエージェント・グリッドマン』と出会う。グリッドマンは使命を果たせと語りかけ、裕太はその言葉の意味と記憶を探し始める。突然の事に戸惑いつつも、クラスメイトの内海将や宝多六花、新条アカネたちに助けられながら毎日を送る裕太だった。が、その平穏な日々は、突然現れた怪獣によって容易く踏みつぶされた。
アカネの質問に違和感を覚えた裕太は、六花や内海に相談しようとするがタイミングが合わずに1人で抱え込んでしまった。そんな裕太の前に怪しげな少女が現れる。その少女と初めて出会った気がしない裕太は、自分の記憶に関わる人物ではないかと言葉を交わす。少女に連れ回される中で乗り込んだ電車で、裕太はこの街の真実に近づいていく。
憂鬱な雨の日、1時間目をサボった六花は公園で1人の少年と出会う。いくつか言葉を交わすが少年は何処かへ消えてしまう。その頃、裕太に怪獣の正体について話す内海は1つの恐れを指摘する。そこへ突然怪獣が現れる。グリッドマンに変身した裕太は、言葉を話すその怪獣を前にして動きを止めてしまう。
怪獣に壊された街や昨夜の出来事はニュースにもなっておらず、裕太たち以外はまるでリセットされたような状況になっていた。放課後、謎を探るため再びグリッドマンの元へ訪れる裕太たち。使命を果たせと語りかけるグリッドマンの言葉を聞き、裕太たちは昨夜の出来事で何が変わったのかを調べ始めた。
ある日、目覚めた裕太は記憶喪失になっていた。鏡で自分の顔を見ても自分が何者か思い出せず混乱する。そこへ裕太を呼ぶ声が響き、導かれるまま声の方へ進んでいくと年季の入った古いパソコンが語りかけてきた。そのジャンク品の画面が輝き、声の主が現れる。それはハイパーワールドから使命を帯びてやってきたハイパーエージェント、グリッドマン!