｢バグズ2号｣の惨劇から20年。地球では火星より飛来した未知のA.E.ウイルスが猛威をふるっていた。A.E.ウイルスのワクチンを作るには火星へ向かい、「テラフォーマー」の攻撃をくぐりぬけてウイルスのサンプルを入手する必要がある。20年前の生存者、小町小吉を艦長としたクル―は、大型宇宙船「アネックス1号」に乗り人類の存亡を懸けて火星へ向かう。予想だにしないアクシデント、交差する各国の陰謀、更なる進化を遂げたテラフォーマーとの死闘。新たなる人体改造法である「M.O.手術」を受けた隊員達とテラフォーマー達との種の存続を懸けた戦いが始まる。
ハッキングは阻止され、アネックス艦内での活動限界として定めた時間は既に過ぎた。電波塔の奪還は絶望的になり、悔しさに涙の止まらないウォルフ達。しかしその時、一人コントロールルームに残り作業を続けるクルーがいた――アミリアだ。皆が必死で繋いだ希望を捨てず、限界を超えている身体をハッキングただ一つに集中させる。命を削りながら、一歩一歩前へ進み地球への距離を縮めるアミリアだった。
必死の思いでコントロールルームにたどり着いたウォルフ達は、ハッキングを開始する。地球ではエンジニアとして地味に、不器用に生きていたウォルフ。だが今、彼は地球を救うため、頭脳と技術をフルに活かし戦う。 一方、コントロールルームの外では西と慶次が交戦していた。四班以外のコントロールルームへの侵入を阻止しようとする西だが、部屋の異変に気付いてしまう。
細菌が充満する艦内に侵入したウォルフ達は、防護服の確保に走る。だがその頃、謎の影が残りの防護服をすべて破壊していた。一方危険を察知したウォルフ達は迂回して目的地を目指すが、刻一刻と活動限界は迫る。徐々に蝕まれていく身体。ハッキングを目指すエンジニア集団と、それを阻止する第四班に、忍び寄るテラフォーマー達。アネックスを舞台に、火星の命運を懸けた最後の三つ巴の戦いが始まる。
一、二班のアネックス奪還への道は、またしても阻まれてしまった。マルコスが爆と交戦する一方、計画を遂行する為アネックス本艦に向けて全力疾走する慶次達。アネックス内への侵入には成功するが、すぐにオニヤンマ型テラフォーマーに行く手を阻まれる。艦内に充満する細菌は、近寄る者の身体を無差別に蝕む。残された活動限界時間は15分しかなかった。
八恵子とアレックスの危機に駆けつけた第六班オフィサー・ジョセフ。西洋刀・ジョージ・スマイルズを携えて、生身の体ながら圧倒的な強さをテラフォーマーに、そして爆にぶつけていく。一方、アネックスに向かう地下坑道では、一班と二班のクルー達が電波塔を奪取する計画を進めていた。夜明けと共に作戦を開始しようとしたその瞬間、クルー達の前に不穏な影が現れる。
燈とミッシェルは成す術なく、爆に捕獲されてしまった。二人が一号機へと担ぎ込まれると、そこへ怯えた八恵子と膝を負傷したアレックスも連行される。すると突如目の前に現れたのはおびただしい数のテラフォーマー。燈から奪い取った膝丸を手に、爆は向かい来るテラフォーマーを次々と切り裂いて行くが、この量には敵わないと判断し、囮として八恵子をためらいなく車外へ放り出す。混乱と恐怖に包まれた八恵子の元へ反射的に飛び出した生身のアレックス―そしてテラフォーマーの波が二人に迫る。
仲間の思いが込められた剣を手にした燈。どこで生まれたかも、造られたかもわからない自分に、存在意義と繋がりを与えてくれた『膝丸』という名のその剣に誇りを込め、再びマイマイカブリ型テラフォーマーへと立ち向かう。一方、パラポネラ型テラフォーマーとミッシェルの激闘は続いていた。父親の遺体、父親の能力を弄ばれた怒りと憎しみをその拳に込めて、何度倒れても起き上がり宿敵の体へねじ込んでいく。
アレクサンドルとの死闘を終え、燈とミッシェルを追う第四班。一方、燈とミッシェルは、第六班、ジョセフの助けを求めて高速脱出機を走らせる。その最中、突如二体のテラフォーマーが二人の行く手を阻んだ。ミッシェルと同じパーツを持つパラポネラ型と、武術の心得があるかのごとく隙の無い動きで燈を追い詰めるマイマイカブリ型。パラポネラ型を目にしたミッシェルは、未だかつて見たことの無い激しい怒りを露にする。パラポネラ型のベースになっているのは、20年前にこの火星で息絶えた父、ドナテロ・Ｋ・デイヴスの能力なのだからだ。
細菌型M.O.手術を施した紅の能力発動により撤退を余儀なくされた第四班。しかし、一人アネックス本艦に残る男がいた。A.Eウィルスに感染した妻の病気を治すため、ロシアで最初にワクチンを造る、そう誓った男。愛する家族を守るため、ただそれだけのために、細菌兵器の舞う艦内を決死の覚悟で進んでいく。男の名はアレクサンドル・アシモフ。地球に帰った後の生活すら捨てた者たちと、死んででも守りたいものがある男との、譲れないバトルが始まる。
劉の発勁と豹紋蛸の毒で満身創痍のアシモフ。それでも攻撃の手を緩めることなく、徐々に劉を追い詰めていく。さらにアレクサンドルの策略も加わり、混迷を極める第三班と第四班の死闘。その最中、アネックスの周囲を囲む巨大な黒い影。鳴りを潜めていたテラフォーマーが、大群となりアネックス本艦を包囲する。 人間同士の争いをあざ笑うかのように、容赦なく襲いかかるテラフォーマー。命がけのバトルは「人間VS人間VSテラフォーマー」の三つ巴の戦いへとなだれ込んでいく。
人類を裏切り、燈とミッシェルを要求する第四班のオフィサー・劉に対し、艦長として必死に投降を呼びかける小吉だったが、それに応えるどころか無情にも攻撃を促す劉。被弾し、成す術の無くなった小吉に浴びせられたのは惨殺兵器の更なる弾丸の嵐。しかし気がつくとそこに小吉の死体は無く、劉たちは幻影を見せられていたことに気づく。戸惑う第四班の前へ間髪入れず突っ込んできたのは、アシモフ率いる第三班。第三班と第四班、それぞれ一歩も譲れない殴り合いが始まる。
火星で散り散りになったクルーたち。行動を共にする第一班と第二班は、合流を目指してアネックス本艦へと向かう。第三班は通信不能、第六班からのSOS信号に次いで第四班の全滅報告に、気持ちが沈む小吉たち。一方、別行動を取っていたアシモフたち第三班は調査をしていたピラミッドの中で衝撃の事実を目の当たりにする。時を同じくして、無人のはずのアネックス本艦にてテラフォーマーの死体の山が築かれる。火星で何が起きている 誰も知らなかった事実が、ついに明らかになる。
西暦2620年。かつて人類が遂行した「テラフォーミング計画」により火星は地球に近い星へと変貌を遂げたが、一方で謎の進化生物“テラフォーマー”との遭遇、致死率100%の 病原体“エイリアンエンジンウィルス”の地球飛来という2つの問題が生まれてしまった。この悪夢を断ち切るべく、特殊な手術で人体を強化されたクルーが火星へと送り出された。主人公 膝丸燈とミッシェル・K・デイヴスをはじめ、さまざまな過去を背負いながら懸命に戦う戦士たち。その胸には、失った仲間への思いや地球で自分たちの帰りを待つ人々の姿が刻まれていた。
