「働いたら負け」 戦乱後のフェルビスト大陸を放浪しながら自堕落な日々を送っていた乱破師(サバター)のトールは、妹アカリにせっつかれ、食べ物を探しに山林へと出かけていく。 鬱蒼とした森の中で彼が出会ったのは、銀髪紫眼の少女チャイカ。 …が、その背には棺。 そして中には魔法師(ウィザード)の証、機杖(ガンド)！？ 「お前……魔法師だったのか」 「肯定。これだけ。他に能なし」 棺を背負った"禁断"の姫君と"希望"を枯らした少年--。 運命に導かれたふたりは、平和が訪れた世界を大きく変える旅に出る。
「…私、道具、用済み…。もはや、生きる意味無し…」 崩れ落ちるチャイカ。復活を遂げ、“新たなる城”へと帰還するガズ。 その様子をただ見つめることしかできないトールは、底知れぬ怒りを胸に、ある大きな決断をする。 「俺は、ガズを倒す。」の言葉を残し、フレドリカと共に“ガズ城”へと突き進むトール。 黒チャイカと“お人形”たちとの闘いに身を投じるアカリ、ヴィヴィ、そして紅チャイカ達。 残されたチャイカもまた、ひとつの決意を胸に機杖（ガンド）を構える。
人質に取られたチャイカを救う方法はただひとつ。 トールは自身のふがいなさに憤りながら、棺をかつぎ再びゲランソン城へと向かう。 そしてついに、玉座の間にすべての遺体が揃うときがやって来た―― 「あなたには、ここで最後まで見届けてもらわなくちゃ。自分がなろうとしてなれなかった、本物のチャイカの姿をね」 茫然とするチャイカたちを前に、黒チャイカは告げる。 「はじまるのよ、新しい歴史が」
第二城壁内で二組を制し、第三城壁内の闘いへと勝ち進むチャイカとトールの二人だったが、「規則違反」により捕えられ、別の闘技場へ向かうよう指示される。 そこで二人を待っていたのは椅子に腰掛け、黒衣を纏った“チャイカ”だった。 「ようやく会えたわね。ここは、あがないの場…」 一方、チャイカ達と同様に黒チャイカの闘技場へと誘導されたヴィヴィとニコライの前に現れたのは、変わり果てた風貌の、彼らの「隊長」その人で…！？
大会前夜。闇に紛れて水路を進み、城内への潜入を試みたトールとアカリの前に立ち塞がったのは、同郷の兄弟子シン・アキュラだった。圧倒的な実力差を前に、撤退を余儀なくされる二人。 翌日、トールとチャイカ、アカリとフレドリカ、紅チャイカとダヴィード、ヴィヴィとニコライ――それぞれ二人組みとなって戦場へと身を投じ、或いは邂逅し、遂に、武芸大会の火ぶたが切って落とされる。 その様子を不敵な笑みで見つめるハルトゲン公王、そして3人の黒い少女。 「…再び戦争が始められる。この日をどれほど待ちわびていたことか…」
ハルトゲン公国の首都ゲランソン――そこでは、来る“お祭り”に備え、世界各地から猛者達が集結していた。領主は八英雄の一人であり、討伐隊隊長として実際にガズ皇帝の首をはねたというシュテファン・ハルトゲン公王。彼の号令のもと行われる武芸大会の勝者には、ガズ皇帝の遺体が与えられるという。 チャイカ一行も参加を決めるが、噂によればそこで繰り広げられるのは、大会とは名ばかりの、「本物の武」を競う“殺し合い”だという……。
再び捕えられた二人のチャイカ。 「……協力、今だけ。脱出。了承？」紅チャイカの申し出を受け出口を探す二人は、とっさに隠れた執務室で装置に固定された少女ニーヴァ・ラーダと出会う。 「チャイカ、待っていた」 チャイカを探して進むトール。研究所への侵入に成功したアカリとフレドリカ。囚われたダヴィードとセルマ、そして亜人であるキリルとウルスラ。棄獣(（フェイラ)と亜人兵だらけの島を舞台に、それぞれの死闘が今、始まる……。
“遺産”の存在を確かめるべく島へと上陸したチャイカを待ち受けていたのは、襲いかかるオルトロスの群れ、そして亜人兵の集団……！？捕らえられたチャイカは島の地下に広がる巨大施設へと連行されてしまう。そこは亡きガズ皇帝より密命を受けたガズ帝国魔法技術院副院長・ヴィクトル・イズマッシュの研究所だった。 単身潜入したトールに解放され、施設内を彷徨う中、二人が出会ったのは……。 「かつて一度チャイカを名乗る娘と会った…。その者は自身の運命(さだめ)を知り、『チャイカ』を捨てた…」
次なる“遺体”を求め、一行はとある港町を訪れる。初めて見る海に大はしゃぎのチャイカ。その町に住む八英雄の一人、クレイ・モーガンは笑うことが大好きだと言う噂を聞きつけたチャイカ一行は、大道芸人を装い屋敷への侵入するが…！？ 逃げたクレイを追うトールとアカリ。一方、残されたチャイカはクローディアから聞いたガズ皇帝の“遺産”のことが頭から離れず…。 「父上の遺産……自分のこと……知る、希望！」
八英雄のひとり、クローディア・ダッジとの“遺体”を懸けた再戦に臨むも、その猛攻の前に、防戦一方のチャイカたち。アカリが仕掛けた罠もことごとく破られ、反撃の隙を見つけられずにいた。「俺が囮になる」一か八かの勝負に出たトールに、チャイカは…！？ 一方、紅チャイカこと、チャイカ・ボフダーンの一行も、“遺体”を求め、元八英雄にして弓の名手、グレン・ドンカーブートのもとを訪れていた……。
航天要塞ソアラでの戦いから1ヶ月後、亡き父・禁断皇帝の遺体を求め、チャイカ、そしてトールとアカリ、フレドリカの一行は旅を続けていた。 次なる遺体の所持者は、皇帝を討伐した八英雄のひとり、クローディア・ダッジ。 彼女は優秀な魔法師（ルビ：ウィザード）であったが、いまや広大な葡萄園とワイナリーを経営する女主人となっていた。遺体をかけて勝負を挑むチャイカだったが、その圧倒的な実力差に、なすすべもなく完敗。 「完璧なる敗北…」落ち込むチャイカに、クローディアから意外な提案が……！？
