宇宙に浮かぶスペース・コロニーで平穏に暮らしていた女子高生アマテ・ユズリハは、戦争難民の少女ニャアンと出会ったことで、非合法なモビルスーツ決闘競技《クランバトル》に巻き込まれる。エントリーネーム《マチュ》を名乗るアマテは、 GQuuuuuuX を駆り、苛烈なバトルの日々に身を投じていく。同じ頃、宇宙軍と警察の双方から追われていた正体不明のモビルスーツ《ガンダム》と、そのパイロットの少年シュウジが彼女の前に姿を現す。そして、世界は新たな時代を迎えようとしていた。
アマテは、赤いガンダムを操縦していた少年、シュウジと出会う。彼と体験した光る宇宙の感覚が忘れられず、マヴを組んで二人でクランバトルに出場することを提案する。そしてアマテは、エントリーネームを《マチュ》とする 。
ジオン公国軍のエースパイロットであるシャアは、地球連邦軍の《V作戦》の要である最新鋭モビルスーツ《ガンダム》をサイド７で鹵獲。その時から戦局は大きく動き、一年戦争をジオンの勝利へと導いた。しかし、その終戦直前、ガンダムとシャアは……。
女子高生アマテは、偶然運び屋の少女ニャアンと知り合い、非合法なジャンク屋と関わってしまう。そんな時、軍警のザクが領空侵犯の赤いガンダムとコロニー内で戦闘を始める。巻き込まれたアマテはジークアクスを駆るのだった。
