隆盛を極めた科学技術が衰退し、 法力という新たなエネルギーが動かす時代。人類は、禁断の生体兵器「ギア」を 生み出した。生まれてきたギア達は、 やがて人類に反乱を起こすこととなる。のちに聖戦と呼ばれる生存戦争は、 辛うじて人類が勝利を得るも、その犠牲は大きく、終結から十数年の時が 流れても人々の心の傷が 癒えきることはなかった。人とギアの間に生まれた子――シン＝キスクは、 父カイと母ディズィーの結婚式に向かっていた。それは禁忌の中の禁忌であった人とギアとの結婚。 平穏な世でも長い時をかけて 実現に至った式であった。多くの感情が交錯するも、 祝福に包まれていた結婚式。 そこに突如、謎の少女が現れる――ギアの血を継ぐ宿命の子。 そしてギアを憎む謎の少女。両者の邂逅は、 世界に激震をもたらすのであった。
怪我を負ったユニカは、野宿をするブリジットに介抱されていた。ユニカはイリュリアを破壊せずに済んだことに安堵するが、一方で父に逆らってしまったことに思い悩む。同じく大怪我に見舞われたシンは、自身の軽はずみな言動がイリュリアを危機に陥れたと悔やむ。そして、悔恨の念を抱くのは彼だけではなく…。
人工生命体「ヴァレンタイン」である姉妹・ラムレザルとエルフェルト。彼女たちはイリュリア城で起こった騒動の真実に迫るため捜査を進める。一方シンたちは反ギア派・ネルヴィルとの邂逅を経て、スラム街でユニカの行方を探る。そのとき、ジャック・オーから「ユニカの次の狙いがわかった」と連絡が入り…。
両親の結婚式を襲撃したユニカを追うため、ソルとともに旅に出たシン。向かう先は終戦記念祭が行われるアメリカ・ワシントン。予想通り終戦記念祭を襲撃するユニカ。シンのほか、会場に居合わせた賞金稼ぎ・ブリジット、隻眼の女剣士・梅喧も戦いに加わり、会場は混沌とする。そんな中、対峙するシンとユニカの脳裏にある記憶が蘇る。
イリュリア連王の父カイとハーフギアの母ディズィーの間に生まれたシン＝キスク。様々な事情から延期となっていた両親の結婚式を見届けようと、シンはイリュリア城に向かっていた。これまで禁忌とされてきた人とギアとの結婚。祝福に包まれる中、突如として謎の少女が現れる。
