マシュー・クワークの小説が原作の「ナイト・エージェント」は、FBIの下級エージェントの主人公をめぐって繰り広げられる洗練されたアクションスリラーです。ホワイトハウスの地下で鳴ることのない緊急電話の取り次ぎ役をする主人公。その電話がついに鳴ったある夜を境に、すべては急転直下。果ては大統領にまでつながる危険な陰謀に巻き込まれていきます。
ピーターがニューヨークにある最高レベルの厳重警備が敷かれた場所で侵入工作に挑むなか、その手腕を試される。ローズとコール博士は、マーカスを阻止すべく、大胆な計画を実行する。
ローズの行方を突き止めようと必死のピーターは、ジェーコブとまさかのような取引を交わす。トーマスは、父のためならマーカスがどんなことでもやる覚悟でいることを、身をもって知ることに。
ソロモンの口を割らせるため、ピーターは強硬手段に出る。ローズは答えを知ろうと、手がかりを追ってフォックスグローブに関わった科学者に会いに行くが、そこで危機的な事態に巻き込まれる。
ナイト・アクションに関する機密情報を手に入れたいジェーコブは、ソロモンに好条件の駆け引きを提示。ジャヴァードは内通者が居ることを嗅ぎつける。イランでの極秘任務を引き受けるサミ。
