広瀬ナツ子は、高校卒業後アニメーターとなり、才能を開花させあっという間に監督デビューを果たす。初監督作品は社会現象になる大ヒット。新進気鋭の天才監督と世間でも評価され、次回作は初恋をテーマにした劇場ラブコメ作品に決定！しかし、人を好きになったことがないナツ子は初恋がよくわからず、コンテが描けなくなり映画制作が行き詰る。そんなある日、コンテ作業中に意識を失い、目が覚めるとそこは、子供の頃に夢中になったアニメ映画『滅びゆく物語』の世界だった。
ついに超空洞ヴォイドが誕生する。映画「滅びゆく物語」と同じエンディングを迎えようとしていた。 超空洞ヴォイドの前になす術もなく、誰もが諦めて世界が滅んでゆこうとしていく中、ナツ子たちはルークを救うために立ち上がる。 超空洞ヴォイドと最終バトルへ。
最後の街に大量のヴォイドが襲ってくる。ナツ子とユニオがヴォイドに食べられてしまった。「ナツ子が死んだ！」と歓喜する人々。勇者であるルークに助けを求める人々。ルークは、なんのためにヴォイドと戦い、誰のためにソウルフューチャーを守っているのかわからなくなってゆく。
ナツ子は、この世界が急速に映画「滅びゆく物語」の展開に修正されていることに気付く。一方、ルークは街の人たちのために勇者として気丈に振る舞う。そんなルークを心配するユニオ。メメルンは何やら怪しい儀式を行おうとしていた。そして街ではナツ子が描いたものがヴォイドになっているという噂が流れていて…。
伝説の勇者ルーク・ブレイブハート。ずっと戦って生きてきたが、ナツ子が現れて恋をして生まれて初めて人生が楽しい！一方、ナツ子はルークに告白されて戸惑っていた。自分がこの世界に来たことで映画「滅びゆく物語」の展開とは少しずつ変わってきているが、もし映画の通りになるとしたらラストは…。
ナツ子の行く先々に「無駄だよ」と言ってくる鳥が突如現れるようになる。一方、ルークはナツ子を好きな自分の気持ちに気付く。ナツ子に告白しようとするが、うまく気持ちが伝わらない。そのことをジャスティスに相談すると「デートに誘え」とアドバイスを受ける。ルークとナツ子、初めてのデート？！
映画「滅びゆく物語」に心動かされた小学生のナツ子を見つめるクラスメイトのミドリちゃん。動いているものを描くことに夢中になった中学生のナツ子を見ている陸上部の二宮くん。天才と呼ばれ始めた高校生のナツ子に闘志を燃やす大学生の蒼井。アニメーターになったナツ子は長編ラブコメ映画の監督に抜擢されるも「初恋」が何なのかわからず…。
初めてヴォイドに負けたナツ子は、また自分勝手な行動を取ろうとする。ルークはそんなナツ子に怒りもあるが、ジャスティスとの関係が気になってしまう。一方その頃、前回倒せなかったヴォイドがさらに変化しようとしていた！
ヴォイドを倒しまくって調子に乗っているナツ子。ナインソルジャーはデステニーに頼まれて孤児たちに食事を配りにいくことに。そこでルークは元ナインソルジャーで、今ではすっかり落ちぶれてしまったジャスティスと再会する。一方、その頃、新たなヴォイドが街に近づいてきていた。
メメルンの様子がおかしいことに気付くナツ子。映画「滅びゆく物語」ではメメルンがルークを殺そうとするシーンがあるが、映画でその理由については一切触れられておらずファンの間では謎展開となっている。ナツ子は真相を確かめるためメメルンの跡をつけることに…。
最後の街は収穫祭が行われ、ナインソルジャーたちも久々の休日。それぞれ羽を伸ばす。そこでルークは町長の娘、デステニーと出会う。映画「滅びゆく物語」だと２人は恋に落ちるのだが、ナツ子が転生したことで運命は少しずつ変わってきていて…。
ナツ子は最後の街の預言者バオバブ様にナインソルジャーへの加入を打診されるも、ルークと仲違いして決裂。現実に戻る方法を考えるナツ子だが、映画「滅びゆく物語」の展開で最後の街が再びピンチになることを思い出し、現実に戻れないとしたら死んでも守らなければならないものがあることに気付く…。
