2030年のミラノで、秘密シンジケート、シタデルのエージェントであるディアナ・カヴァリエリは、敵対組織であるマンティコアに潜入するが、８年後にシタデルはマンティコアによって壊滅に追い込まれてしまう。戻る場所を失ったディアナに、組織を抜けるチャンスが訪れるが、協力者となったマンティコア・イタリアの後継者 エド・ザニを信じるか否か、決断を迫られる。
ディアナが選択に悩む一方で、エドは強力な新兵器を開発していた。エットレは息子のエドに近づこうとある計画を実行するが、思いもよらない結末が待ち受ける。過去の回想で、エンリコの死を悼むザニ一族。そしてディアナは自分が、シタデル内で生き残っている最後のエージェントであると知る。
エドはエージェントを率いてパリのマンティコア・フランス本部へ攻撃を仕掛ける。兵器を手にする直前、ディアナは８年前にシタデルが壊滅した夜と同様に、どちらの側につくかの選択をしなければならない。
ディアナは捕らえられ、生き延びるためにエットレにある提案を持ちかける。エットレはマンティコア・イタリアの地位を守るため決断を迫られるが、エドとの関係性が崩れる原因となった問題に改めて直面する。
エットレはエドとディアナをシチリアへ送り、２人の協力関係を脅かす重要な任務を与える。地中海の太陽の下で、２人は任務以上の繋がりをお互いの中に感じる。そしてその８年前、ディアナはマンティコアへ潜入し、最初の任務に就く。
ディアナとエドは協力関係を結び、最初の動きに出るが、セシルの激しい反撃にあう。マンティコア・イタリアへの攻撃が激化することを防ぐため、エットレ・ザニが交渉に出向くことに。過去の回想では、ディアナがガブリエルとのトレーニングを終え、正式にシタデルのエージェントとなる。
監視が厳しくなり光を失ってしまった2030年のミラノ。ディアナとルカはルガーノで行われる兵器の交換をスパイするよう命令を受ける。一方マンティコア・イタリアの後継者 エド・ザニはマンティコア・フランスのトップであるセシルから予想外のプロポーズをされる。過去の回想では、両親の不審な死の真相を追うディアナのもとに、ミステリアスなシタデルのエージェント、ガブリエルが現れる。
