一人前の魔導士をめざして魔法学院に入学した少年ウィル。努力家の彼には魔導師として致命的な弱点があった。それは、“魔法がまったく使えない”こと。同級生や教師から冷たい視線を浴び、時にはくじけそうになりながらも、強い気持ちで邁進していくウィル。杖は使えなくとも剣を執り、魔法至上主義の世界で戦い抜く。自分だけに与えられた力を信じて。そして、大切な人との約束を守るためにーー落ちこぼれの少年が剣で魔法に挑む。杖と剣が交わる魔剣譚が今はじまる！
謎の魔導士たちが召喚する、10層の床を破壊した怪物イヴィル・グランドデューク。さらに無数のモンスターに包囲されるという絶体絶命な状況。それでもウィルは告げた。「戦おう」と。彼を信じて全員で魔法攻撃を仕掛けるも、イヴィル・グランドデュークにはいまだ及ばない。恐怖と戦いながらも立ち上がったウィルは、勇気を出して敵に向かい駆け出す。コレットの魔力から生み出された巨剣を振り下ろし、イヴィル・グランドデュークの翼を叩き斬るウィルだったが――。
謎の巨大モンスターによって10層から11層に落とされてしまったウィルたち。ここから先は学院の管理外であり「塔」の領域の危険地帯。11層でウィルと2人きりになったイグノールは、自分はエルフの落ちこぼれだと語り出す。“至高の五杖（マギア・ヴェンデ）”のひとり、エルノール・リヨス・アールヴはイグノールの乳兄妹。親しい者のために“至高の五杖（マギア・ヴェンデ）”を目指すイグノールにウィルは自分の姿を重ねる。その頃、コレットとリアーナの前に闇の魔力をまとった2人組の魔導士が現れる。
リアーナ、イグノール、ユリウス、シオンにウィル。そしてコレットも追随しての総合実習が始まった。普段は行けない7層以下で高単位のモンスターを倒す、危険なサバイバル実習。リアーナたちの能力が高すぎるあまりにお荷物となっていたウィルだが、それでもくじけずに自分ができることを探す。目標の敵「赫灼のナベルス」を探して10層にたどり着いたウィルたちだったが、そこでは大量のモンスターが死骸と化していた。さらにはナベルスも屍となっていて――。
ユリウスを倒したことでウィルは一躍注目株となり、来たる総合実習のチームへの誘いも殺到中。焦ったコレットはウィルとのデートを取り付けるが、待ち合わせ場所にはウィルのルームメイトであるロスティまでやってきた。ウィルを巡ってコレットとロスティの争いが勃発している最中、ウィルは街中でリアーナに声をかけられる。誘われるままについていくと、そこにはシオンとユリウス、イグノールという錚々そうそうたる顔ぶれが揃っていた。
ユリウスが得意とする氷結魔法の包囲網に囲まれたウィル。5人に分身するユリウスの技は、稀代の天才魔導士エルファリアが編み出した12の氷魔法のひとつ“白の芸術（アルスワイス）”。攻撃や爆発も自在に行う分身術に静まり返る会場。エルファリアの後継者にふさわしいのはユリウスだと誰もが思った瞬間、冷静さを取り戻したウィルがユリウスの分身を剣で砕く。誰よりもエルファリアの魔法を熟知しているウィルの、反撃が始まる。
大勢の観衆の前で、突然チームメイトのウィルに攻撃をしかけたシオン。ウィルに抱いていた複雑な思いが競技中に爆発してしまったのだ。目標に向かってひたすらに突き進むウィルの視界に、自分は入っていない。その悔しさを魔法に込めるシオンを見て、ウィルは初めてシオンの想いに気づく。ウィルの小隊が競技に復帰した頃、ユリウスのチームは王冠まであと一歩のところにいた。
ドワーフたちの名誉を賭け、ユリウスと戦う決意をしたウィルはコレット、シオンと小隊を組んで魔導大祭へ出場する。大祭当日、エルフが魔法で作り出す5つのフィールドを舞台に、3人1組で祭壇の王冠を奪い合う競技「奪冠（クラウン・アタック）」で勝負することに。コレットの魔法に自身の驚異的な膂力をかけ合わせて順調に進んでいくウィルの様子に会場は騒然。一方、コレットに頼まれて渋々ウィルのチームに加わったシオンは、ダンジョンでウィルに助けられた屈辱を抱え込んでいた。
ウィルの友人コレット・ロワールやシオンは実技試験に軽々と合格。そして学年トップ3であるリアーナ・オーウェンザウス、イグノール・リンドール、ユリウス・レインバーグにいたってはすでに1万を超える単位を取得していた。一方のウィルは卒業に必要な単位数すら満たしておらず、塔からスカウトが押しかける魔導大祭では活躍も見込めない。そんな大祭を控えたある日、ウィルがアルバイトをするドワーフ族ジーナの居酒屋に、ユリウスがやってくる。
深窓の氷姫・エルファリアから学院全体への勅令（オーダー）が出た。“フロスト・ウォーカーの氷核を採取せよ”という依頼に挑もうと、ルームメイトの魔工師ロスティが作ったマジックアイテムを手に、ウィルは討伐に向かう。ダンジョン内で出会ったアイリスと共にダンジョンを進むウィルは、“探知（サーチ）”の魔法のかわりに知識と知恵、経験から“大物”の気配を探り当てる。相手の弱点を熟知した戦い方をするウィルを見て、アイリスは驚嘆する。
学院内では、優等生のシオン・アルスターが強敵を倒した話題でもちきり。しかし真の討伐者がウィルであることを、シオンと一部の教師たちだけは知っていた。その事実を知ってもなお、教師のエドワルドは、魔法が一切使えないウィルの存在を認められずにいた。かつて“至高の五杖（マギア・ヴェンデ）”に限りなく近づき、闇蛇（あんじゃ）と呼ばれ畏怖されている魔導士、エドワルド。そんな彼が学院教師として、ウィルのみに特別な課題を用意する。
リガーデン魔法学院6年のウィル・セルフォルトは、 “筆記のみの優等生（ラーナー）”。初歩的な魔法すら使えず、学院の落ちこぼれとみなに見下されている。幼なじみのエルファリアとの約束を守るため、魔導士として最強の称号“至高の五杖（マギア・ヴェンデ）”を目指しているが、その道ははてしなく遠い。ある日、いつものようにダンジョンでモンスターを倒して単位を稼いでいたウィルは、自分を蔑む同級生のシオンたちが、本来であれば低層階（フロア）にいるはずのない強敵に襲われている場面に遭遇してしまう…。
