秋里コノハは美少女＆美少女ゲームが大好きなイラストレーター。超人気絵師になることを夢見て美少女ゲーム制作会社で奮闘しているものの現実はうまくいかず……、ソシャゲ全盛期の現代に会社は傾き、コノハはサブのイラストレーターとしてモブキャラの後ろ姿を塗る日々を過ごしていた。ある日、ひょんなことから過去の名作美少女ゲームをゲームショップの店主から譲ってもらうことに。美少女ゲーム黄金時代に思いを馳せ、『同級生』のパッケージを開くと突如まばゆい光に包まれ、気づくとコノハは過去にタイムリープをしていた！行きついた先は1992年！世は美少女ゲーム黎明期！アルコールソフトという会社で働くことになったコノハは、美少女を想い、美少女を描き、美少女を創りあげていけるのか！？圧倒的な美少女への愛でお送りする、ひとりの少女の物語――『じゃ、始めるね！』
何度もタイムリープを繰り返しアルコールソフトで美少女ゲームを作ってきたコノハ。自らが変えてしまった世界で、身の危険も迫るなか、コノハは大好きな“アキバ”のため時代を変えるゲームを生み出すことはできるのか……！？
マモルはコノハを連れ去った車の行先を調べていくうちに秋葉原スタジアムにたどり着き侵入を試みることに。一方、コノハが不気味な巨大な部屋で謎のロボットに囲まれて震えていると、そこに冬夜と謎の男が現れる。
再び時代を変えるようなゲームを作らなければならないコノハ。最新のAIのサポートを受けながら一人で作業を行なうが、なかなかうまくいかずに苦しんでいた。そんな中携帯にかかってきた電話に出ると聞き馴染みのある声が聞こえてきた。
過去に「ラストワルツ」が大ヒットをしたことで、コノハが戻ってきた2023年は大きく変わっていた。美少女は別の形で成長しグローバルな存在に、マモル以外の皆はアメリカでゲームを作っているらしい。好きだった“アキバ”がなくなってしまい悲しむコノハに、マモルはある提案をする。
社員全員が協力し会社の命運をかけた最新作は無事完成を迎え、アルコールソフトのメンバーは打ち上げに繰り出した。気づくと季節はもう冬に、秋葉原には雪が降っている。マモルは打ち上げには参加せず、散策をしながらタイムリープについて考えるのだった。
ひょんなことからマモルがタイムリープして辿り着いたのは、1985年のエコーソフトという会社だった。社長の名前はエコー、アシスタントも飼い犬もエコー、どうやら美少女ゲームを作っているらしい。マモルはゲーム作りに誘われPC98を使用することを条件に承諾することにしたが、彼らは普通の人間とは何かが違うようで……？
イチガヤに騙され、１０億円の借金を背負う事になったアルコールソフト。借金を返すために美少女の力を信じるコノハはマモルと話し未来を知る自分の力を使い「最高のゲーム」を作る決心をした。10億円を稼ぐという目標に途方に暮れているアルコールソフトの面々のもとに向かい、必死にプレゼンをするコノハだったが…
アルコールソフトがコンシューマー移植作業に大忙しな中、マモルに命じられコノハはイチガヤが経営するコスプレクラブを張り込むことに。道中、過去に一緒にゲームを買った冬夜に出会い話をしている最中、てんちょーが現れコノハも店の中へ。そこで聞こえてきたのは、てんちょーの怪しげな話だった。
またもや2023年に戻ってきてしまったが、コノハはタイムリープの法則に気付き今度は1999年へ向かう。その頃、アルコールソフトでは有名ゲームクリエイター・イチガヤの手を借りコンシューマー移植の話が持ち上がっていた。しかし、マモルはこの件を怪しんでおり……。
コノハは“PC98専用のゲームしか作らない”と意固地になるマモルを連れ戻す役目を任される。家の前で寝泊まりしながら説得を試みるも寝ている間にマモルを見失ってしまう……。夏コミを過ぎると作業が間に合わないため、それ以上マモルを待っていられない。代わりのプログラマーを探すか決断を迫られる中、夏コミが始まる──。
ゲームを完成させたが、2023年に戻ってしまったコノハは再び底辺イラストレーターとして過ごす。夢か現実かわからない「アルコールソフト」での充実した日々に思いを馳せ、またあの場所に戻りたいと願っているとひょんなことから再度タイムリープに成功。しかし、たどり着いたのはゲームを作っていた1992年ではなく1996年で……。
1992年にタイムリープしたコノハは行くあてもなく美少女ゲームメーカー「アルコールソフト」に転がり込み、ゲームの開発を手伝うことに。美少女の最先端を知る自分なら“無双”できるはずと意気込むコノハだったが、使い慣れたツールはこの時代にはなく悪戦苦闘することに。
美少女ゲーム会社で働く美少女大好きなイラストレーター、秋里コノハ。2023年現在、メインイラストレーターとして活躍する夢を抱くも、業界も会社も低迷中でくすぶっている毎日。ある日、会社の帰りに見つけたゲームショップで手に入れたゲームを開くと光に包まれて……！？
