魔法。それが伝説や御伽噺の産物ではなく、現実の技術となってから一世紀が経とうとしていた。そして、春。今年も新入生の季節が訪れた。国立魔法大学付属第一高校―通称『魔法科高校』は、成績が優秀な『一科生』と、その一科生の補欠『二科生』で構成され、彼らはそれぞれ『花冠』(ウィード)、『雑草』(ブルーム)と呼ばれていた。そんな魔法学校に、一組の血の繋がった兄妹が入学する。兄は、ある欠陥を抱える劣等生(ウイード)。妹は、全てが完全無欠な優等生(ウイード)。どこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、彼に肉親以上の想いを寄せる優等生の妹。二人がこのエリート校の門をくぐったときから、平穏だった学びの園で、波乱の日々が幕開いた。
論文コンペ前日の夜。達也は文弥から周公瑾の居場所を突き止めたと報告を受ける。潜伏場所は何と、国防陸軍宇治第二補給基地。国防軍の基地に自分ひとりでは戦力が足りないと考えた達也は、将輝に連絡。場所が国防軍の基地だと聞かされた将輝は一瞬、躊躇するものの、十師族の責務を果たすため達也に同行することを決意。二人は周公瑾に操られた兵たちが待ち構える国防軍基地に侵入する。
日本魔法協会が主催している全国高校生魔法学論文コンペティション。通称、論文コンペが京都で開催されることになった。昨年の論文コンペが大亜連合に襲撃された経験から、今年は警備を万全にするため事前に会場周辺を下見したいと風紀委員長の幹比古が生徒会に提案。達也や深雪、水波、レオ、エリカもそれに同行することになる。生徒会が終わった後の帰り道、達也はニュースで真由美のボディガードである名倉三郎が京都で何者かに殺されたことを知る。
日本魔法協会が主催している全国高校生魔法学論文コンペティション。通称、論文コンペが京都で開催されることになった。昨年の論文コンペが大亜連合に襲撃された経験から、今年は警備を万全にするため事前に会場周辺を下見したいと風紀委員長の幹比古が生徒会に提案。達也や深雪、水波、レオ、エリカもそれに同行することになる。生徒会が終わった後の帰り道、達也はニュースで真由美のボディガードである名倉三郎が京都で何者かに殺されたことを知る。
九島烈から周公瑾捕縛の協力を取りつけるため、達也と深雪、水波は九島家の本拠地である奈良を訪れる。九島烈は達也の申し出を快諾すると、孫の光宣を紹介。光宣は達也の一年後輩で、身体は弱いものの強力な魔法力を備えているという。食事の席で達也たちが伝統派の術者を探していると聞いた光宣は、自分から協力したいと申し出る。翌日、光宣の案内で奈良にある伝統派の拠点を回っていた達也たちは、奈良公園で伝統派の襲撃を受ける。
九校戦が終わり、二学期が始まったある日、亜夜子と文弥が真夜直々の手紙を達也に届けに来た。手紙の内容は「周公瑾の捕縛について協力を依頼する」というもの。周公瑾は黒羽家が追跡していたが、京都付近で見失ってしまったという。どうやら周公瑾の逃亡を古式魔法師の一派である「伝統派」が手助けしていると見られる。伝統派は長年、九島家と対立している。そこで達也は九島烈の孫である藤林を通して、周公瑾の捕縛に協力を依頼する。
ついにスティープルチェース・クロスカントリーの女子の部が始まった。達也はピクシーに全パラサイドールの位置を把握させると、パラサイドールが選手に接触する前に、すべて始末しようとする。だがパラサイドールは達也の想像を超えたスピードで魔法を発動。手こずりながらも何とか最初のパラサイドール封印に成功する。残りのパラサイドールたちを次々と封印していく達也だが、彼の前に最高性能個体プライム・フォーが立ちはだかる。
九島家が極秘裏に行なっていた実験は、パラサイトを女性型戦闘ロボットに憑依させたパラサイドールの開発だった。パラサイドールの運用実験が行なわれるスティープルチェース・クロスカントリーの会場警備は、異常なまでに厳しく、達也ですら侵入出来ない。そこで達也はピクシーにパラサイトの監視を命じ、自分はエンジニアとしてCADの調整を行ないながら、下級生への指導を行なう。だが連日の激務と緊張の連続で達也はこれまでにない疲れを感じていた。
九校戦の急な競技変更に対応するため、達也は他の生徒会役員とともに多忙な毎日を送っていた。そんなある日、達也のもとに差出人不明のメールが届く。メールには、今回の種目変更が国防軍の圧力によるもの、そして九島家が国防軍の動きに乗じて、秘密裏に開発した兵器の性能試験をスティープルチェース・クロスカントリーで行なおうとしていると記されていた。達也は九島家が行なっている実験の内容を調べるため、九島家の本拠地である奈良へと向う。
全国の魔法科高校に、九校戦の種目を一部変更するという通知が送られてきた。変更があったのは六種目中の三種目で、実に半分もの競技が変更になるという。急な種目変更に対応するため、第一高校の生徒会はルールの把握や選手の再選考、CADの再調整などに追われることになる。九校戦開始一ヶ月前という急なタイミングの変更に、誰もが大会運営に対する不満をこぼす中、達也は新しく追加された競技がどれも軍事色が強いことに疑念を抱いていた。
恒星炉の実験は見事成功し、ニュースでもその成功が大々的に報道された。だが父親から神田議員の件は七草家が対処すると聞かされていた七宝は、七草家が達也を利用して自分たちの功績にしたと思い込み、通りがかった香澄に鬱憤を叩きつけてしまう。香澄も自分の家に対する侮辱を看過できず、二人は魔法を使った戦闘準備に入るが、その現場を風紀委員に発見され、拘束される。この二人の遺恨を無くすために、達也は試合で勝敗をつけることを提案する。
反魔法主義者の神田議員が、マスコミを引き連れて第一高校を視察に訪れるという情報が入った。少しでも軍事に関係することがあれば、マスコミに針小棒大に騒ぎ立てさせ、魔法科高校が軍事教育の場と化していると主張するつもりだという。そこで達也は生徒たちで、常駐型重力制御魔法式熱核融合炉＝恒星炉の実験を行なうことを提案。第一高校の魔法教育が、魔法によってエネルギー問題を解消し、人類の平和に貢献していることを主張しようとする。
入学式が終わり、今年も各クラブによる新入生への勧誘活動が始まった。新入生を巡って睨み合いを始めたロボ研とバイク部の間に、風紀委員の香澄と、部活連執行部の七宝が仲裁に入る。だがどちらが主導権を握るかで言い争いを始め、ついに一触即発の事態に陥ってしまう。一方、七草家の当主である弘一は、USNAの人間主義者がマスコミ工作を始めたことを利用し、四葉家の力を削ごうと画策していた。
2096年4月を向かえ、二年生に進級した達也の身の回りには色々な変化があった。達也と美月は新設された魔法工学科に転科。幹比古は二科から一科へと転科した。また達也と深雪は四葉本家から使用人として使わされた水波と同居することになり、三人での生活が始まった。今年こそ平穏な学生生活を、と願って登校する達也だが、新入生は七草家の双子である香澄・泉美と、新入生総代で七草家に対抗意識を持つ七宝琢磨と、一癖も二癖もある顔ぶればかりだった……。
