ねえ、知ってる？ この学園にある七不思議の話……かもめ学園に伝わる一番有名な七不思議の噂。旧校舎3階女子トイレ3番目には花子さんがいて、呼び出した人の願いをなんでも叶えてくれるんだって。呼び出し方は簡単、ノックを3回。それから―――「花子さん、花子さん、いらっしゃいますか？」「はーあーい……」自分の願いをかなえてもらうため、花子さんを呼び出したオカルト少女の八尋寧々。しかし、彼女の前に現れたのは男の子の幽霊、”花子くん”だった。おばけなのにドSでちょっとエッチな花子くんに振りまわされて様々な怪談に巻き込まれていく寧々。果たして寧々は無事に学園生活をおくれるのか誰も見たことのないハートフル便所コメディが今、始まる
生前の四島メイと出会った寧々は彼女もまた、自身の寿命と向き合っていた少女だと知る。それでもメイは挫けない。自分の死を否定して、前向きに筆を取る。そんなメイの前に怪異のシジマが再び現れる。
正体を現した花子くんは言った。虚構の世界なら寧々の命は尽きることなく、ずっとずっと生きることができると。その言葉に花子くんを止めようとしていた光の中で迷いが生じる。寧々も自身の寿命のことを知り動揺を隠せない。動揺と同時に、もうひとつふつふつと胸の内に滾る感情。それは寧々のためにと何もかも隠してしまう花子くんへの怒りだった。
寧々は普の手を取り学校を出る。この世界から逃げ出すために。乗り気ではない普も、寧々を放っておくことはできずついていく。夜の学校を抜けだし、自転車で街へ繰り出す二人。それを阻むようにシジマは行く先々に現れる。シジマから逃げていく先で、寧々と普は不思議な筆と出会う。
シジマは言った。「元の世界に戻りたければ“柚木 普”と“三葉惣助”を殺せ」と。つかさは言った。「あまねのこと上手く殺せるといいね」と。頭が追いつかない寧々をよそに、普は無邪気に星を見るため寧々を屋上へ連れて行く。
そこにいるはずのない、“柚木 普”と“三葉惣助”。戸惑う寧々と光をよそに、すべてを受け入れている茜や葵たち。友人が突然バラバラに砕けてしまう……そんな明らかな異常事態さえ笑って見ているだけのクラスメイト。優しい土籠。土籠と親しげなヤコ。料理が得意な輝。何もかもがおかしい世界で、光は真相を突き止めるべくミツバを追う。
初夏。むせかえるような暑さとセミの喧噪の中、寧々は登校する。いつもよりちょっと寝坊した、だけどいつもどおりの朝。ホームルームに間に合ってひと息ついたその時、後ろから声をかけられる。振り向くと、そこにいたのはかもめ学園の制服を着た花子くんだった。
ミツバのこと、寧々のこと……いくら考えてもいい解決策は思いつかない。 ひとり思い悩む光。そんな光に、もっけ運輸から荷物が届く。 それは寧々が悩む光を励ますべく送った夏祭りへのお誘いだった。 二人がお祭りに行くのが妬ましい花子くんは、寧々と光を怪異たちの夏祭りへ案内する。
寧々はもうすぐ死んでしまう。思いも寄らない未来の話に、光は悩む。 何も知らない寧々は、いつもどおりに学校へ通うも、花子くんの姿が見えない。 寧々は花子くんの行きそうな場所をひとつひとつ尋ねていく。
七不思議が一番『三人の時計守』、そのうちのひとりは寧々も良く知るクラスメイトの蒼井 茜だった。 花子くんは事態を解決すべく、茜に協力しようと持ちかける。 だが、茜は過去の出来事から怪異を憎んでいて、花子くんにも不審感を抱いているようで……。
花子くんの助手として怪異の噂を安全なものに戻していた寧々と光。 親友の葵から “七不思議が一番『三人の時計守』”の噂を聞いたその日、かもめ学園で生徒たちが急に年老いてしまう怪事件が起こる。 花子くんはその事件の裏に、『三人の時計守』が関わっていると踏み、寧々たちと共に時計守を探し始める。
