ちびまる子ちゃん（通称まる子）こと“さくらももこ”は、清水市（現・静岡市清水区）に住む小学三年生。父母や姉、祖父母と暮らす、どこにでもいそうな女の子だ。物語は、同じクラスの花輪くんや丸尾くん、そして仲良しのたまちゃんたちと毎日を元気一杯に過ごす、まる子のさりげない日常をユニークな視点で綴っていく。原作は集英社の少女誌「りぼん」連載の大人気マンガ。原作者の少女時代の体験を振り返った物語が、大人たちには郷愁を、子ども達には新鮮さと等身大の主人公の魅力を感じさせ、平成を代表するアニメーションとなった。
運動会に向けて大玉転がしの練習をするまる子たち。自分よりも大きなものをせっせと運ぶアリはスゴイなと思うまる子。ある日、町を歩いていると玉を転がすのが上手な昆虫フンコロガシを山田が探しに行くというので、まる子も一緒にいくことにしたのだが… はまじが敬老の日におじいちゃんに何をしてあげようか悩んでいた。はまじを見習い自分たちもおじいちゃんに何かしてあげたいと考えるまる子と野口さん。同じくヒデじいに感謝の気持ちを伝えたいという花輪くんも加わり、みんなでおじいちゃんのために敬老会をやることになった。
小さい頃、白鳥のブランコに乗って空を飛ぶことにあこがれたというたまちゃん。風船なら飛べるかもしれないと目を輝かせる。たまちゃんの夢をかなえてあげたいまる子は、友蔵と一緒に風船を膨らませるのだったが… 台所のワゴンの中から、宝くじを見つけたまる子。お母さんに聞くと、買っていたのを忘れていた様子。3枚あるうち、の1枚が見事に当たっており、金額はなんと1万円。喜ぶまる子だが、当たった1万円の使い道について、さくら家で家族会議が開かれることに。
花輪くんから、「魔法のブラシ」を借りたまる子。埃がとてもよく取れるそのブラシをまる子はすっかり気に入って欲しくなってしまう。そんな時、商店街の福引でブラシが当たると知ったまる子と友蔵は、何とかしてブラシを当てようとする。 お父さんに写真を撮られるのをどうにかしたいたまちゃん。そんな時、「お父さんの笑顔の写真コンテスト」があることを知り、撮られてばかりの気持ちを分かってもらおうと、たまちゃんはお父さんの写真を撮ってコンテストに出すことに。誘われたまる子も、せっかくだから応募してみようと、ヒロシの笑顔の写真を撮ろうとするのだが……
アマリリスを連れたみぎわさんに出会ったまる子とたまちゃん。アマリリスはフワフワで、お風呂に入れてあげたばかりなのだという。そこにビッキーを連れた花輪くんも通りがかり、今度、花輪くんの家で愛犬たちをお風呂に入れるのを手伝わせてもらうことになった。 山根くんが、テレビで見た霊感の強い人の話を教えてくれた。人混みが苦手で、疲れやすくて、動物に好かれて、くじ運がいい人は霊感が強いらしい。意外と自分も当てはまると思ったまる子は、幽霊が見えてしまったらどうしようとおびえながら図書館へ。霊感が強い人の、体験談の本をつい読んでしまったまる子は…
みんなでチョコを食べていた時、小杉は「ちょっとちょうだい」と言いながら半ば強引にみんなからチョコを分けてもらっていた。図々しいと文句を言うまる子であったが、家に帰ると、お姉ちゃんが食べていたかき氷が羨ましく一口もらう。だが、一口だけでは到底足りず自分で作るのも面倒で、嫌がるお姉ちゃんに「もう一口だけ」とかき氷をねだり続けるのであった。 花輪くんが、自分と瓜二つの姿をした不思議な存在「ドッペルゲンガー」の事を教えてくれた。自分とそっくりな「ドッペルゲンガー」を想像してはしゃぐまる子。だが、それは不吉な存在で、自分のドッペルゲンガーと会ってしまうと何か良くないことが起こると言われていると花輪くんが教えてくれたのを思い出す。そんな時、まる子は公園である女の子に出会う。
まる子のために「まるちゃんと一緒に探検し隊」を結成したたまちゃん。隊長がたまちゃんだと知ると、たまちゃんのお父さんも一緒に無人島探検ツアーに行くという。そこへみどりちゃんも加わり、みんなで探検に向かうことになった。写真をたくさん撮りたいたまちゃんのお父さんであったが、隊長の命令により写真は10枚までと決められていて…… 暑すぎて読書もままならないまる子に、おじいちゃんが、こわい本を読み聞かせてくれた。おじいちゃんのかなりの迫力に驚いたまる子。おばけの雰囲気やそれっぽい読み方をおじいちゃんに教えてもらうのであった。もっとこわくしたいと、二人で「ヒュ～ドロドロ」という効果音も作ろうと挑戦するのだが…？
たまちゃんからハイキングに誘われたまる子。話しているところへ山田がやってきて、なんと、池に怪獣の赤ちゃんを捕まえに行くのだという。まる子たちは心配で着いて行くと、そこにいたのはスッポンだった。次の日のハイキングに、山田も一緒に行くことになったが、いつも危なっかしい山田のことを考えると、まる子は心配で仕方なくなるのであった。 海水浴に行くことになったまる子とたまちゃん。ウキウキ気分でお菓子を買いに駄菓子屋さんに行くと野口さんに出会い、一緒に行くことに。そして当日、青い空ときらめく波。泳ぎに行こうと誘うまる子とたまちゃんに、野口さんは静かに首を振る。その理由とは？そしてそれを聞いたまる子とたまちゃんは…
お父さんが知り合いからカブトムシをもらってきた。まる子は喜ぶが、虫の苦手なお姉ちゃんは嫌な顔。翌日、老人会の俳句会に出かけるおじいちゃんが、季語のものとしてカブトムシをこっそり借りていくが、うっかり逃がしてしまう。肩を落として帰宅すると、いなくなったカブトムシのことでまる子とお姉ちゃんが言い争っていて… 夏休みにどこにも連れて行ってもらえないと嘆くまる子を、おじいちゃんが老人会の草むしりに行かないかと誘う。友蔵が言うには、草むしりの後にはかき氷が振る舞われ、さらに子どもは参加賞として、ジュースとお菓子の詰め合わせまで貰えるらしい。まる子は悩みに悩んだ末、誘惑に負けて草むしりに参加することにしたのであった。
雷で停電してしまったさくら家。真っ暗闇の中、まる子は怖い思いをしてしまう。翌日、教室では、昨日の雷の話でもちきりだった。どうにか雷を止められないかと考えるまる子に、止めることはできないが雷を知ることで備えることができると戸川先生が教えてくれる。 もうすぐ夏休み。たまちゃんは家族で北海道に旅行に行くというが、まる子には夏祭りと墓参りぐらいの予定しかない。はまじと山根と藤木も同じだと言い、4人で『夏休みどこか行き隊』を結成するのであった。
ある日、ゴロゴロしているお父さんを誘って出かけるまる子。次の日、お父さんが熱を出してしまう。実は昨日から具合が悪かったらしいのだ。自分が誘ったせいで風邪を引いたのだと責任を感じるまる子は、懸命にお父さんの看病をするのであった。 みまつやが、夏祭りの催し物で、クイズ大会をやると言う。準備で大忙しのみまつやのために、お手伝いをするまる子。子ども向けのクイズ問題が欲しいというので考えてあげることに。そして、クイズ大会当日。急遽熱を出してしまった子の代わりに、まる子が出場することになってしまい・・・
世の中、上手く行かない事ばかりだねとため息交じりに話すまる子と冬田さん。さっそくまる子たちは、野口さんの家でたくさんの願い事を書いた七夕飾りを作ることに。 散歩をするまる子とおじいちゃんは、公園でお母さんに抱っこされて泣きやむ小さな女の子を見かける。それを見て、羨ましく思ったまる子もまたお母さんに抱っこをしてほしくなる。さりげなくお母さんに抱っこしてもらおうと、まる子はいろいろな方法を試してみるのだが…
中野さんの誕生日が七夕らしいと知ったまる子とおじいちゃんは、内緒でお祝いしようと、何か欲しいものはないか中野さんに聞いてみる。まる子たちの様子から、自分の誕生日プレゼントについて聞き出したいのだと察する中野さんだが、自分の誕生日は6/30だ。どうにかして本当の誕生日を伝えなければと頭を悩ませる中野さんであった。／社会科のテストで満点を取ったのは、なんとまる子一人であった。勉強してヤマが当たったまる子、大喜びしたのもつかの間、男子たちに、カンニングをしたのではないかと疑われてしまう。次のテストでも満点を取ったらカンニングをしていないことを信じると言われたまる子は、おじいちゃんと一緒に勉強に励むのであった。
