1928年にエジプトで発見されたリング状の建造物は遥か太古にエイリアンによって作られた異星間移動装置スターゲイトだった。このゲイトの作動に成功したアメリカ空軍は同時に宇宙の侵略者ゴアウルドの存在を知りこれに対抗するために精鋭チームSG-1を結成し、大宇宙の神秘を探査しながら、ゴアウルドの魔手を打ち砕くべく壮大な戦いを始める。
アスガードのトールから、彼らの種族がほどなく絶滅するため、高度なテクノロジー、知識の全てを提供するという申し出を受け、カーターが作業を進める。そんな中、3隻のオーライ艦隊が出現。まだテスト前のアスガードのエネルギー兵器使い、一度は撃退に成功するが…。
またまた、夢のお告げでエンシェントの財宝の在りかのヒントを得たヴァーラ。だが、過去の失敗から、SG-1の仲間は誰も彼女を信用しない。その上、IOAが自分の信用度を疑問視し、幽閉しようとしていることを知ったヴァーラは、SGCを逃げ出すハメになるのだが…。
ヴァーラの父親ジェイセクが、地球存続に関する重大な情報と引き換えに地球での安全な暮らしを要求してくる。これまでの父のペテンぶりに愛想を尽かしているヴァーラは、ジェイセクを信用するなと警告するが、ランドリーはひとまず条件を呑み、情報の真偽を探ることに。
ジャファのリーダーが集まり、平和のためのサミットが開かれていたダル・エッシュカロンの集落で、爆弾が爆発。多くの死者と負傷者を出す大惨事となり、ティルクやブレイタクも負傷する。ティルクはランドリーが止めるのも聞かず、復讐に燃え、旅立ってしまう。
ある星に送った探査機からの映像に、謎の象形文字が映っていたことから、SG-1が調査に向かうことに。だが、その星の博物館と思しき建物に到着した一行は、パーティを催していた住民たちに遭遇。彼らはSG-1を見た瞬間、反政府ゲリラだと勘違いしてしまい…。
度々、SG-1に麻薬原料の輸送を妨害され、激昂したネタンは、SG-1メンバーの首に賞金をかける。久しぶりに休暇が取れたメンバーらが、それぞれ調査や発表会、そして同窓会への出席など、別々に過ごしている中、彼らに賞金稼ぎが襲い掛かる。
ある星へ出向いたSG-1メンバーは、オーライを信仰している村人達から話を聞いていた。彼らの前に現れたプライアは、脅して隷属させることなく、起源の書の功徳と真の救済を説くという、穏やかなものだという。そこへ、村にそのプライアが戻ってくるのだが…。
カーターは、ラボで位相転換装置の実験中に突然パラレルワールドに飛ばされてしまう。その世界での彼女は少佐で、アトランティスにいるはずのローン少佐もいた。すぐにも元の世界に戻りたいと申し出るカーターだったが、この世界でも彼女の存在が不可欠な状況だった…。
オーライの脅威にさらされている村へ向かったSG-1。その村では、リーダーのティラナを筆頭に、オーライの支配を拒否する意思を固めていた。村民を救うため、オーライが村に戻る3日後までに、改良を進めてきたマーリンの装置を稼動させようと試みるカーターだが…。
ドラゴンを相手に悪戦苦闘する一行だったが、ダニエルのひらめきで何とか撃退に成功する。だが、サングリアルに手を伸ばした瞬間、それが虚像と判明。さらに、次の瞬間アドリアを除いた全員が見知らぬ場所に転送されてしまう。そこで彼らを待ち受けていたのは…。
ヴァーラの夢のお告げをヒントに、マーリンの武器が隠されている星の絞込みに成功したダニエルら。バールらしき一行に先を越されたことを知り焦るものの、村人に聞いた「美徳の羊皮紙」を探して、古文書館へ。そこで、古文書管理をしているオスリックに会うのだが…。
ジャファからの情報を元に「二つ目のスーパーゲイト」を探すため、カーターを乗せたオデッセイ号が出動。だがこの情報は罠で、突然猛攻を受けたオデッセイ号は、アナテオという男らによって乗っ取られてしまう。果たして、クルーを人質に取った彼の目的とは…！？
ダニエルは、日頃の頑張りに対してのご褒美としてヴァーラをディナーに誘う。ところが、向かった先のレストランで、ヴァーラが何者かに拉致されてしまう。彼女を連れ去ったのは、ザ・トラストの幹部アテナ。その目的は、ヴァーラの記憶を引き出し、ある暗号を解読することだった…。
SG-1のメンバーが、異星の村人に混ざってアドリアの説教を聞いていた時、オデッセイがその惑星の表面に強いエネルギー波を探知。たちまち星全体を覆い尽くした。メンバーは間一髪ビーム転送されたが、その直後プライアを含む、星の生命反応全てが消えてしまう…。
＜200回記念エピソード＞おとぼけエイリアンのマーティンがSF映画のプロデューサとして、SG-1のメンバーに意見を求めにやって来る。最初は乗り気でなかったメンバーだったが、次第にそのアドバイスはエスカレート!果たして、マーティンの映画製作は実現なるのか！？
休養と休暇を兼ねてメンバーをオニールの山小屋へ招待したランドリーだが、それぞれの理由でメンバーの到着が遅れ、1日目はミッチェルと2人きりに…。その頃、SGCでは別のチームが異星で凶暴な野獣に襲われる事態が発生し、ティルクらが調査に乗り出していた。
大気圏に謎のアルケシュ1機が突入し、シャイアン山に向かっているとの報告が入る。危険を察知したランドリーの攻撃命令により、アルケシュ1機は山の手前で墜落。ミッチェルとカーターが、現場へ向かうと、中からバールが這い出してきた。果たして、バールの目的とは！？
アトランティスに向かったSG-1。挨拶もそこそこに、ミッチェルとカーターはオデッセイにマッケイを乗せ、ブラックホールのある座標へと向かう。一方、ダニエルとヴァーラはマーリンの武器の手がかりを探し、アトランティスでデータベースの検索に取り掛かる。
SG-1は、アーサー王とその騎士達がマーリンの作った武器を求めて向かったとされる星のひとつ、ヴァゴンブレイへ行くことに。そんな中、ダニエルは、今後の任務にヴァーラを参加させたいとランドリーに申し出、彼女の心理テストが行われる。
オーライ艦隊を迎え撃った連合軍は敗北し、オデッセイとルシアン同盟のハタクだけが生き残る。さらに、宇宙服のまま漂流をしていたカーターも酸素があと2時間分しか残っていないという危機にさらされていた。一方、オーライ艦隊ではヴァーラが女児を出産するが…。
