如月ハニーは聖チャペル学園に通っている女子高生。だが、その正体は天才科学者・如月博士によって生み出された美少女アンドロイド愛の戦士キューティーハニーである。ハニーは謎の秘密結社 パンサークローを捕まえるべく、対パンサークロー捜査官とともに行動する。しかし パンサークローの幹部であるシスタージルが偽名を使い潜入。ハニーは敵であることを知らず、シスタージルを純粋に信じ続ける。
ドラゴンパンサーとともに幻城へ向かうハニー。そこで待ち受けていたのは、ハニーにとっては信じがたい人物で……。心身ともに追い詰められるハニー。だが、そこへ駆けつけてくる青児や団兵衛たち。ハニーを想う人々の心が一つとなり、やがて最終決戦は荘厳なクライマックスへと歌い上げられていくーー。「心などいらぬ。信じぬ。…天使よ、天に散るが良いーー」「信じ続ける…！ 人の心を！」心を信じないジルと、信じ続けるハニー。二人の物語に訪れる結末は、いかに！？
パンサークロー怪人を生け捕ったハニー。ＰＣＩＳで取り調べをしていると、突如、現れたジルがハニーを挑発。その口から告げられた言葉は「ハニー、ようやくお前を招待出来る。跪きに来くるがいい。我が幻城に…」というものだった。青児たちの制止もきかず、一人幻城へ向かう決意を固めるハニー。ドラゴンパンサーと、タランチュラパンサーに、幻城の場所を聞き出そうとするがーー。
大切な人々を次々と失ったハニー。もうこれ以上絶対に犠牲を増やさないため、激しい戦いに身を投じていく。そんなハニーの前に現れるタランチュラパンサー。夏子の仇である彼女が、ハニーに告げにきたこととは…？ そしてタランチュラパンサーを追い、最強の怪人と称されるドラゴンパンサーが襲来。二人の怪人を前に、ハニーが取った行動とはーー。
ある日、ＰＣＩＳ宛に映像が送られてきた。それは、パンサークローに捕われた人質たち。そしてジルがハニーに告げた要求は「１時間おきに人質を殺していく。止めたければ、空中元素固定装置を取り出す手術を受けろ」というもの。人質の存在に苦悩するハニー。必死に場所を捜索するＰＣＩＳ。しかし、それをあざ笑うかのように、場所を変えながら映像を送ってくるジル。実はジルには、もう１つの狙いがあって……。果たして、その狙いとは!?
ハニーが告げた真実に戸惑う夏子は、ハニーと距離をおいてしまう。青児の言葉も夏子には届かず、二人の間に気まずい時間が流れる。一方、タランチュラパンサーは、ジルに対して複雑な思いを抱いていた。そんな中、ジルから夏子を捕らえよと命じられ、オクトパンサーと共に、夏子が待つナイトプールに潜入する。夏子を捕えるチャンスを伺うタランチュラパンサーだったが、計画は次第に思わぬ方向へーー。
聖チャペル学園が崩壊し、青児の実家に居候することになったハニーと夏子。しかし、団兵衛と順平が入浴を覗いてきたり、気が休まる暇もない…。だが、それも遠回しにハニーを元気づけようとする団兵衛と順平の思いやりと気付いているハニー。そんな仲間のために、せっせと夕飯の支度をしたり、夏子の心配をしたり、気丈に振る舞うのだった。しかし、実際のハニーは水一杯すら飲むことができないほど心を痛めていてーー。そんなハニーを見つめ、夏子は一人、ジュネの元を訪れるのだった…。
夏の日差しが眩しい聖チャペル学園。生徒たちの胸には白いバラが・・・。かつて、ジュネから白バラをプレゼントされたことがある夏子だけが、その光景に違和感を感じていたーー。そこに、突如、飛来する無数の気球船。そして、降り注ぐ爆弾。それはパンサークローの襲撃だった。やがて、学園中の白いバラが赤く染まっていきーー。 真夏の悲劇の始まりに、ハニーが決死の覚悟で立ち向かう！
世間の支持を集めている女性市長・寺田倫子はパンサークローとつながっているーー。ハニーは真相を究明するため、カメラマン・フラッシュハニーとなり、倫子にインタビューを敢行するが、証拠を掴むことができない。ハニーはジュネのアドバイスを受け、倫子が進めているリゾート開発の視察団に紛れ、海に浮かぶ孤島・孫島に潜入する。そこでハニーが目にした、パンサークローの忌まわしき計画とはーー。
パンサークローによって罪なき人々が命を奪われ、心を痛めるハニー。これ以上犠牲者を出さないため、ジュネが提案した『おとり作戦』に賛同し、あえて囚われの身となるハニー。パンサークローのアジトへの潜入に成功するが、追跡していたはずのジュネと連絡がとれなくなる。エネルギーが無くなり戦闘不能に陥ったハニーは、追っ手を振り切るため、残りのエネルギーを使い、ある行動に出るーー。
ある日、偶然にも街でジュネと出会うハニーと夏子。ジュネから白バラをプレゼントされた夏子は、すっかりジュネのとりことなりーー。数日後、ジュネからの誘いで、二人きりの週末デートに出かけることになった夏子。純情な乙女心をときめかせるが、その行く先は……。一方その頃、世間では若い女性の失踪事件が多発していた。暗躍するように、夜空を舞うバッドフライクロー。果たして、夏子の運命は！？
「如月博士はお前に何を遺したのだ？」ジュネにそう聞かれたハニーは、父を殺され、自分の正体を知った「あの日」を思い出す。普通の女子高生として過ごしていた日常が、突如として戦いの日々に変わったあの日。博士がハニーに遺した言葉とはーー。一方、青児はパンサークローの襲撃を受ける。追撃にやってきたファイアークロ―を病院で待ち構える青児だったが、ファイアークロ―の狙いは別にあった。
あるときは聖チャペル学園に通う女子高生、あるときはバイクレーサー…しかしてその実体は、空中元素固定装置を駆使し、犯罪組織パンサークローと戦う愛の戦士、キューティーハニー！ パンサー怪人たちと日夜戦いを続ける如月ハニーの前に突如現れた、対パンサークロー国際機関、ＰＣＩＳのジュネ特別捜査官。ハニーはジュネの存在感に心を奪われるが、ジュネにはある秘密があった。
