先の大戦終結後、重力カーテンによって閉ざされてしまった『奇械島』。 そこでは『キバ軍』、『ガラン軍』、『八稜郭』の三つ巴の戦いが繰り広げられていた。 各勢力が所有するプラントへエネルギーを供給する重力炉の限界が近いことを察知したWSOは、『奇械島重力炉停止作戦』をスカルフォースに命じる。 グレンファルコン隊の一員として奇械島にやって来た由木翼が見たものは、キバ軍、ガラン軍にたった一機で立ち向かう『魔神』だった…。
ガラン軍の大攻勢の前に、苦戦を強いられる八稜郭。その刹那、天空より新たなる機神が舞い降りる！ 予期せぬ援軍により、均衡を取り戻したかに見えた戦場で、ついに重力崩壊が始まる…。 タイムリミットは残り僅か。海動は真上は、そして我らがマジンカイザーＳＫＬ（スカル）は、この未曽有の危機を打ち砕く事ができるのかっ！？
キバの砦の遠隔制御装置を停止させ、八稜郭に向かった由木は、ガラン軍の総攻撃に遭遇する。その頃、海道と真上は、一足先にガラン城に殴りこみをかけていた。八稜郭の戦いにカイザーの救援は期待できないと知り、由木はある決意をする。 一方、ガラン城の海道たちは、ガランとのロボット戦に移行。しかし操縦を買って出た真上が、戦いの中で不可解な狂乱に陥り、マジンカイザーは絶体絶命の危機に立たされる!!
嵐をついて進むカーゴシップ。世界を滅亡から救うため、重力炉崩壊の阻止に向かう海兵隊の精鋭グレンファルコン隊だ。しかし、重力炉のある奇械島は、男たちが巨大ロボットを駆って覇を競う、戦国時代さながらの無法地帯と化していた。 部隊の生き残り・由木中尉は、そこに、すべてを敵に回して破壊の限りを尽くす魔神の姿を見る。それこそがデスカプリース隊──海動剣と真上遼が操る最凶のロボット・マジンカイザーだった!!
