鈴木財閥で新たに発見されたロマノフ王朝の遺産「インペリアル・イースター・エッグ」を狙うという怪盗キッドから「黄昏の獅子から暁の乙女へ 秒針のない時計が12番目の文字を刻む時 光る天の楼閣からメモリーズ・エッグをいただきに参上する」という予告状が届き、江戸川コナン一行はエッグが展示されている大阪へと向かことになった。 依頼主・鈴木会長と面会しその概要を聞くコナンたちだが、問題のエッグは数億円かけても手に入れようとする者は大勢いるという。キッドがエッグを狙う目的は金目当てなのかとコナンは考えるが、今までの盗品は全て返すといった犯行からはとてもそうは思えなかった。予告状はこれまで通り文章による暗号で示され、キッド専任の刑事・中森警部の推理で何日に盗まれるかまでは分かったものの、その時刻や場所についてはあやふやなまま。中森警部はエッグを手中に収め、ひとまず自分たち警察の手でそれを保護しようとする。 一方のコナンたちは服部平次、遠山和葉と合流。平次と共に大阪の街を歩きながら予告状の暗号を解くコナンだが、それが完全に分かったのは犯行時刻ギリギリ。結局エッグは眠らされた中森警部らから怪盗キッドに奪取されてしまい、キッドはハンググライダーで空に飛び立って逃げようとする。それをバイクで追うコナンと平次だが、肝心の運転手である平次は交通事故を起こし動くことすらできなくなる。コナンは阿笠博士の発明品のスケートボードでキッドを追うが、速度の違いもあり逃がしてしまうことは避けられない状況だった。しかし、逃亡中のキッドは追跡していたコナンの目の前で何者かにモノクル越しに右目を拳銃で狙撃され海に墜落。エッグを取り返すことには成功したもののキッドの安否、そしてその犯人は警察による大規模捜査でも確認できない状態だった。